原发性肝硬化性胆管炎的肝损伤特点可以表现为对正常胆管上皮细胞的异常免疫反应，也可以表现为对异常胆管上皮细胞的正常免疫反应。原发性肝硬化性胆管炎特征性表现为损伤仅仅在小叶间胆管和间隔胆管，它不影响大的胆管，因此临床无胆道梗阻的影像学表现，相同的上皮损伤也发生在唾液腺及可能的胰腺上皮细胞，临床出现所谓“干燥综合征”的症状。
病理：累及的胆管管壁显著增厚，触之有绳索感。管腔显著狭窄，内径仅3-5cm或更小，周围淋巴结明显肿大。常累及左右肝管汇合部，肝总管、胆总管及肝内胆管，可以是节段性或弥漫性，累及全部肝内外胆管，甚至胆囊与胰管。肝脏有淤积表现，肝外胆管闭塞可引起继发性胆汁性肝硬化及门静脉高压症。胆囊累及时囊壁有水肿，黏膜乳头样增生，但无结石。
病因：原发性肝硬化性胆管炎的病因机制尚未明了，目前认为其发病机制主要涉及遗传和免疫因素，认为有遗传易感性，有免疫介导的疾病，但细菌感染因素不能排除。有溃疡性结肠者，细菌内毒素及有毒性代谢产物经门脉如肝，有可能引起胆管损伤。
症状和体征：起病隐匿，病程缓慢，早期可无症状。常见症状为黄疸和有上腹痛，体重减轻常为吸收不良和厌食所致。症状和体征发生率：肝肿大55%，黄疸45%，脾肿大35%，发热30%，乏力65%。其中20%~30%患者无症状，其无症状可持续多年。
终末期表现为肝功能衰竭，曲张静脉破裂、肝性脑病、腹水、水肿伴深度黄疸。原发性肝硬化性胆管炎是一种原因不明的慢性进行胆汁郁积病，主要特征为肝内和肝外胆管的炎症、纤维化和部分胆管丧失，最终可引起胆汁性肝硬化、门脉高压和肝肝内衰竭。该病早期无明显症状，后期则出现一些不同程度的门静脉高压和肝功能障碍，直至上消化道出血、肝性脑病等并发症死亡。
该病90%发生于女性，特别多见于40～60岁的妇女，男女比例为1:8。原发性肝硬化性胆管炎早期症状仅有轻度疲乏和间歇发生的瘙痒，1/2有肝肿大，1/4有脾肿大，血清碱性磷酸酶及-GT升高常是唯一的阳性发现。
