脂肪肝与丙型肝炎关系密切，文献报道，50％左右的成年慢性丙型肝炎患者伴有脂肪肝，约有10％的慢性丙型肝炎患者伴有脂肪性肝炎。与慢性乙肝不同，丙肝病毒本身可以导致肝细胞脂肪变性，促进脂肪肝发生，如果同时存在肥胖、饮酒、高脂血症等其他危险因素时，脂肪肝的发病率明显增高。
丙型肝炎病毒至少有6种不同的基因型，不同基因型的丙肝病毒感染者脂肪肝的发病率不尽相同，其中基因3a型感染后脂肪肝的发病率最高，基因1型感染后脂肪肝的发病率最低，所以同是慢性丙型肝炎，发生脂肪肝的概率相差很大。
慢性丙型肝炎可以引起肝纤维化，并可进展至肝硬化及肝癌，而并存的脂肪肝的严重性与肝纤维化程度呈正相关，并且肝细胞脂肪变性的恶化亦同时伴随着肝纤维化的进展。慢性丙型肝炎合并脂肪肝时比慢性乙型肝炎合并脂肪肝时肝纤维化的进展速度要快、要明显，同样抗病毒治疗的疗效同样明显降低，但3a基因型慢性丙型肝炎的抗病毒疗效明显好于其他基因型，基因1型慢性丙型肝炎抗病毒治疗疗效受脂肪肝影响最大。
