乙肝病毒感染可以导致肝细胞脂肪变性，但其程度较轻，一般很少能达到诊断脂肪肝的标准，目前还没有足够的依据证明乙肝病毒在脂肪肝的形成中起了重要作用。同样也没有证据可以提示脂肪肝患者容易感染乙肝病毒。
同时存在脂肪肝和慢性乙肝的患者临床表现往往比单纯慢性乙肝的患者更明显，更容易出现肝区胀满、疼痛的症状，肝脏的炎症、纤维化情况往往出现更早、进展更快，发展到肝硬化的概率更大。只进行保肝、对症治疗，症状往往不容易缓解，肝功能恢复相对困难。
合并脂肪肝的慢性乙肝会使本来效果都不太令人满意的抗病毒治疗疗效大打折扣，导致抗病毒治疗起效慢、有效率降低，由于抗病毒耗费较大，最终可能造成人力、财力的浪费。所以，建议存在脂肪肝的慢性乙肝患者应尽早积极治疗脂肪肝，使相对容易治疗、控制的脂肪肝及早治愈，扫除抗病毒治疗的路障。
