有时，脂肪肝有自愈倾向，这种自愈倾向在于病因能够有效地去除，诱因加以控制，多数患者经过适当的治疗，可以达到肝功能恢复、血脂正常或彩超提示脂肪肝消退的目的。但尽管科学发展迅速，新的药物层出不穷，然而至今仍无解酒和防治脂肪肝的特效药物。目前脂肪肝的治疗主要致力于去除或减轻导致肝脏损害的两大危险因素――嗜酒和肥胖。事实上，戒酒对于酒精性脂肪肝绝对有效，肝内脂肪沉积一般在戒酒数周内完全消退；酒精性肝炎患者及时戒酒，肝脏炎性损伤亦可在半年至一年内恢复正常；即使已发展至酒精性肝硬化，如能坚持戒酒，亦可减慢肝病进展速度，减少肝腹水、消化道大量出血及肝功能衰竭的发生，并可为肝移植创造条件。同样地，对于肥胖所致的单纯性脂肪肝患者，减肥可能是唯一有效的治疗选择；而对于肥胖相关的脂肪肝合并肝功能异常者，科学减肥可提高保肝药物的治疗效果。一般地，体重每下降1%，转氨酶下降8.3%，体重下降10%，则增高的转氨酶多能恢复正常，伴肿大的肝脏回缩、肝内脂肪消退。肥胖的慢性病毒性肝炎患者，须考虑同时进行减肥治疗，特别是在抗病毒药物治疗无效时。事实上，许多慢性乙型肝炎病毒感染的个体可能本来并无肝炎表现，但因近期内体重和腰围增加并发脂肪性肝炎，表现为血清转氨酶增加，此时最好的处理措施是减肥而非抗病毒治疗，因为就肝损害原因而言，乙型肝炎病毒仅仅是旁观者。
鉴于脂肪肝是一种多病因引起的获得性疾病，寻找与去除病因和积极控制原发基础疾病对脂肪肝的预后至关重要。对于大多数脂肪肝患者首先应明确脂肪肝可能的病因及诱因，尤须注意易被忽视的因素，如药物的副作用、工业毒物和环境毒素中毒、营养不良、甲状腺功能亢进、重度贫血以及心肺功能不全的慢性缺氧状态等。大多数药物性脂肪肝在及时停用相关药物后2～3个月内可完全恢复正常。长期饥饿及蛋白质－热量不足所致的脂肪肝，通过在饮食中补充蛋白质或氨基酸以及足够热量后，肝脏病变可迅速逆转。全胃肠外营养所致的脂肪肝应避免过高热量及过多脂肪乳剂的输注，并尽可能及早开放经口或管饲饮食。慢性肝炎患者不论病情是否需要，长期过高热量摄入和过分强调休息，均可因体重增加而诱发脂肪肝，故应尽可能避免这些因素。小肠改道手术所致的脂肪肝应重新作吻合手术，恢复改道前情况，并补充必需氨基酸。妊娠期急性脂肪肝在终止妊娠和控制并发症后，肝内脂肪沉积可完全消退，且不留任何后遗症。妊娠呕吐引起的脂肪肝补充营养后肝脏损伤消失；局灶性脂肪肝除针对其可能的病因进行治疗外，一般无需特殊处理。
