在慢性乙肝的治疗过程中，主要观察的两个最重要的病毒复制指标是乙肝病毒DNA和乙肝病毒e抗原。如果通过治疗达到乙肝病毒DNA以及乙肝病毒e抗原转阴，可以视为疗效显著。但是最为关键的是在乙肝病毒e抗原阴转的同时发生乙肝病毒e抗体的形成，也就是所谓的乙肝病毒e抗原与e抗体血清转换（乙肝“大三阳”转为“小三阳”），仅仅有乙肝病毒DNA阴转是远远不够的。
乙肝病毒e抗原与e抗体血清转换是乙肝病毒e抗原阳性慢性乙肝（“大三阳”）持续缓解的最有力标志。一项对165名乙肝病毒e抗原阳性患者的研究显示，采用干扰素治疗清除乙肝病毒e抗原的患者中，超过半数发生乙肝病毒表面抗原转阴，而未发生乙肝病毒e抗原转阴的患者中仅为9％，而且获得乙肝病毒e抗原血清转换应答者生存期显著延长，肝细胞癌发生危险显著降低。
慢性乙肝治疗后出现良好转归的标志应为转氨酶复常和乙肝病毒DNA水平下降，继而出现持久的乙肝病毒e抗原消失和血清转换，甚至乙肝病毒表面抗原消失和血清转换，这可在最大程度上预防肝细胞癌的发生，从而延长生存期。
