内窥镜逆行胰胆管造影术（ERCP）结合了内窥镜检查和X射线检查。将内窥镜经口插入食道，穿过胃、十二指肠，一直深入到总胆管在十二指肠的开口处。随后通过内窥镜管道注入造影剂，这样在X射线下胆道系统就可被显影。
经皮肝穿刺胆道造影术（PTC）和ERCP的原理类似，二者的不同之处在于造影剂的注入：PTC中通过经皮用针头穿刺，经肝脏将造影剂注入胆道。通常在ERCP实施失败后才进行PTC。
活组织检查一般认为肝组织活检是评估肝脏疾病的金标准。肝组织活检是指从患者体内取出一小块肝组织（见图），随后在实验室中对其进行分析。在进行肝功能检查（LFT）后，常需要进行肝组织活检以确诊。但活组织检查并非只限于诊断目的，它同样可以用于评估肝纤维化/肝硬化的程度。在临床试验中，还可通过活组织检查来评价治疗效果。
获取活检标本的方法很多，其中经皮穿刺的方法最为常用。典型地该法在门诊患者在局麻完成。当然活检标本也可来自于接受腹部手术的患者，如外科手术肝脏活检或开放肝脏活检。接受肝脏活检的患者——无论采用何种方法——不能有任何肝脏疾病的并发症（即：黄疸、腹水、肝性脑病等），并且PT值和血小板的数目正常。若需要对肝脏的某个特定区域（如肿瘤）进行活检，操作可在超声引导下进行。
进行活检有许多重大的缺点：它具有侵袭性、容易合并并发症、发生采样误差的风险很高。活检的主要并发症为胆漏和出血，死亡率约为0.1%。尽管存在这些缺点，但活检为判定纤维化的程度和坏死性炎症的分级提供了十分有价值的信息；对于慢性乙型肝炎（CHB）的患者，推荐在治疗开始前常规进行肝组织活检。
