肝细胞的严重受损，使肝细胞内的脂肪分解与氧化功能降低，结果中性脂肪堆积在肝细胞内，亦是脂肪肝的成因。
病毒性肝炎时，变性的肝细胞其滑面内质网退化为网状或膜状团块，粗面内质网则减少、扩张伴脱粒等。而滑面内质网的功能是复杂的，与脂蛋白的合成、游离脂肪酸的活化均有关。肝内炎症往往伴随有肝细胞内微循环障碍及增生性改变，可使部分肝细胞缺氧、缺血，细胞与血液之间氧含物质交换不足，使肝内脂肪酸氧化减少。以上改变均使肝内多聚糖及ATP水平降低，肝内脂蛋白合成减少，甘油三脂与载脂蛋白结合发生障碍，输出减少，导致甘油三脂在肝内堆积而发生脂肪肝。
在肝炎的恢复期，患者食欲显著增加，剩余的热卡即以脂肪的形式蓄积而发生肥胖，继之发生脂肪肝。这与肥胖有一定关系。肥胖者“摄入过多性脂肪肝”发生的真正机制并非食物中热卡偏高，并伴蛋白质及胆碱相对缺乏，若仅给患者高热卡蛋白质及附加胆碱之饮食，并不能使脂肪肝消失，而发生机制与糖代谢紊乱有关。因此肝炎合并脂肪肝亦可能是由于医务人员肝炎治疗过程中积极的护肝治疗，长期大量静注葡萄糖，过分限制活动，给予高热量膳食的结果。
