脂肪肝患者常伴有肠道菌群失调，并存在肠道内毒素血症，肠道菌群紊乱及其相关肠源性内毒素血症在脂肪性肝炎的发病中起着重要的作用，而重建和调整肠道微生态平衡则有助于延缓和阻止脂肪肝的进展，减少肝硬化及其相关并发症的发生。微生态调节剂包括医学益生菌、益生元和合生元。医学益生菌主要有双歧杆菌、乳杆菌两大类，补充目的在于恢复肠道微生态平衡，修复肠道菌膜屏障，提高肠道定植抗力，抑制潜在致病菌过度生长。除此以外还有一定的抗炎作用。
肠道微生态无论与酒精性脂肪性肝炎抑或非酒精性脂肪性肝炎的发生和发展都有着密切的联系，当脂肪肝患者出现便秘、腹胀、腹泻、肠道产气过多时，应警惕肠道微生态失衡的存在，而恢复和调整肠道微生态平衡现已被推荐用于脂肪性肝炎的临床防治。
