肝组织本身不会疼痛，因为它没有痛觉神经。患者在做肝脏穿刺或其他原因导致肝实质受损的情况下，并不会有疼痛的感觉。但肝区（肝脏在右上腹部的排肋内、右隔膜下）有时候确实会疼痛，什么原因呢?
原因就在肝脏的包膜上。肝脏表面有一层很薄的包膜，包膜有丰富的痛觉神经，受到刺激会有疼痛的感觉。做肝脏穿刺的时候要麻醉它外面的包膜，使其失去痛感。发生肝炎时，肝组织会因发炎而充血、水肿，肝脏膨大，拉紧外层包膜，于是刺激了痛觉神经，疼痛就产生了。医生体检触摸到肿大的肝脏时，患者会觉得疼痛也是这个道理。肝区疼痛是较轻的持续的隐痛。如前所说，肝炎时肝组织因炎症而充血、水肿，这在短期内是不容易消散的；这也决定了疼痛性质是持续性的，即一天内24小时都会疼痛。肝区牵涉到一些相邻的脏器，如胆道、肠道及胃有病也会产生疼痛，有些容易与肝脏疼痛混淆不清。不过这些内脏都是管状、空心的，发炎或梗阻时虽然也发生疼痛，但疼痛的性质不同，多属较为剧烈的痉挛性绞痛，往往呈现间歇性发作，即痛痛停停。有时，肝区的皮肤也会疼痛，但常是一过性、闪电样的刺痛，大都是皮肤神经性疼痛。
