CHB是一种具有长期慢性活动性病程的复杂疾病。由于不同患者的疾病特点存在很大差异，定义治疗成功的标准显得非常困难。由于存在两种有明显区别的患者群体，使情况变得更加复杂。
患者可以是HBeAg阳性的，也可以是HBeAg阴性的。HBeAg阴性的患者虽然血清中检测不到HBeAg，但疾病依然是活动的。出现HBeAg阴性的情况是因为HBV DNA基因组（遗传物质）的突变，导致病毒停止产生此种抗原；但是，病毒的复制能力却不受影响。HBeAg阴性CHB患者一般较HBeAg阳性患者病情更重，更难治疗。因此HBeAg阴性CHB患者对临床医生更具有挑战性。
因为CHB是一种慢性长期疾病，为使对这两种类型的患者的治疗方法简单明了，引入了短期和长期治疗目标的概念。
短期目标
不论是HBeAg阳性，还是HBeAg阴性的的CHB患者，最重要的短期治疗目标都是抑制病毒复制。有明确证据显示病毒复制对疾病进展有重要影响。现在公认将病毒复制抑制到尽可能低的水平是适用于所有患者的首要措施。如果能够达到这一目标，那么达到其它治疗目标的机会就能大大增加。现有数据表明，治疗早期最大限度地抑制病毒复制对获得最佳疗效有重大影响。因此，治疗最重要的一项指标就是将循环中HBV DNA的水平降至聚合酶链反应（PCR）检测不到的水平。现有最精确的PCR检测法可以测出低至120拷贝/ml的HBV DNA水平（。
对HBeAg阳性的患者，另一项重要的治疗目标是实现HBeAg血清转换。前面已经讲过，HBeAg血清转换是指患者血清中的HBeAg转阴，出现抗HBe抗体(HBeAb)。HBeAg血清转换是乙肝自然病程中的一项重要界标，意味着活动性肝炎的结束和表面抗原(HBsAg)携带状态的开始。
其它同时适用于HBeAg阳性和HBeAg阴性患者的治疗目标包括ALT复常和减轻肝脏炎症坏死的程度和减少发生率，因为炎症坏死可增加肝纤维化、肝硬化和肝癌的危险性。表1列举了AASLD 提供的用于CHB疗效评估的定义。
