不少乙肝患者，在治疗上花费了大量的时间和钱物，但疗效并不明显。那么，乙肝为什么如此难治呢？
无论中医还是西医，治疗慢性乙肝的主要目击者的都是：①持久抑制或清除病毒，使肝炎病变缓解，防止肝硬化乃至肝癌的发生。②降低或消除传染性，即阻止肝病的蔓延。但到目前为止，应用于慢性乙肝治疗的药物和疗法虽然很多，却无令人满意的治疗方法和疗效，这是为什么呢？主要原因有以下几个方面：
病毒多处存在：乙肝病毒为泛嗜性病毒，可在肝脏、胆管上皮细胞、胰腺、淋巴细胞等组织和细胞中存在和复制。抗病毒药物较易清除血中的HBV（乙肝病毒），而组织细胞中的HBV则不易被清除或清除较晚，成为复发的重要原因。
免疫耐受：母婴垂直传播与婴细儿水平传播为我国HBV的主要感染特点。婴幼儿的机体免疫系统发育与HBV感染、复制相伴随，待免疫系统成熟后，会误将HBV认为是自身成分而难以发挥排斥清除反应。这是我国慢性乙肝难治疗的重要原因。
基因整合：早期感染上乙肝病毒后，由于免疫耐受，常无症状表现，至成年期发现而开始治疗时，中间往往已间隔了十余年，乙肝病毒脱氧核糖核酸早已发生了多处基因整合。此时治疗，即使血清中乙肝病毒多项指标，如“两对半”中的e抗原等下降或消失，细胞内整合的病毒基本仍可在停药后复制、表达，造成反跳、复发。这是造成乙肝难治的一重要原因。
基因变异：传统上认为，病毒转阴（如“大三阳”转为“小三阳”）是病毒复制减弱、传染性降低、病情好转的标志。但最新研表明，即使“大三阳”转为“小三阳”，只要乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBV-DNA）为阳性，就可能预示着乙肝病毒已发生变异。这种变异说明，病毒仍复制活跃，仍有传染性。而且e抗原（HBeAg）不以表达，表示病毒不易被清除，易致慢性化发展。更糟的是，这种变异株对抗病毒治疗不敏感，表现为复发率高、远期疗效不佳。
以上所说的主要是慢性乙肝难治的一些客观因素，另外还有不少的主观因素在很大程度上影响了疗效。如：
对象选择不合适：许多患者不属于抗病毒治疗的范围（如慢性病毒携带者、中晚期的肝硬化患者等），却硬要使用干扰素治疗，非但难以取得疗效，反而容易造成不良反应。
用药方案不正确：
一些患者虽然必于抗病毒治疗的范围，但是所选用的抗病毒治疗药物及剂量、疗程却不正确，临床上也难以奏效。
滥用和乱用药物：有的患者四处求医，今天用西药，明天用中药，现加上名目繁多的广告，更让他们无所适从。滥用药物的结果只能使肝病本身雪上加霜，后果更惨。
那么，乙肝到底该怎样治疗呢？正确的答案是：药物+休闲+心理，三联综合治疗。指导原则是：立足于长期的肝功能稳定，而不是刻意追求病毒阴转；自我调控、调理为主，药物治疗为辅。我们相信，伴随着乙肝基础研究的进一步深入，人类攻克这一顽症已为期不远。
