肝活检显示中度至中度活动性炎症、坏死和(或)肝纤维化的患者，也应该立即开始抗病毒治疗。
在抗病毒治疗过程中应坚持长期、规范，不遵从医嘱、擅自停药或换药很可能会造成病情恶化，最终造成疗效不佳，加重疾病进展。在长期规范的抗病毒治疗原则下，一开始选择抗病毒药物时应从疗效、药物副作用、费用三个方面综合考虑，选择适合自己的药物。
疗效：应该尽量选择在延缓疾病进展方面经过长期临床研究验证的药物。安全：长期治疗需要考虑药物的安全性。费用：要根据自身经济情况，选择那些能长期负担的药物。目前在中国上市的四大类核苷酸类似物中，拉米夫定上市时间最长，有充分的临床证据证实其能有效延缓肝硬化进展，减少肝癌；且安全性较好。替比夫定治疗期间需要定期监测CK水平，恩替卡韦治疗时需要留意乳酸酸中毒等问题。此外，虽然抗病毒药物已经进入医保，但药物的报销比例仍然与药物价格相关。大部分乙肝患者用药较多，经济负担重，选抗病毒药物时最好选用花费少的，可以长期坚持服用的药物。
最后，一旦开始抗病毒治疗后，还应注意定期检测。
临床试验数据表明，HBV DNA水平是预测疗效的重要指标。因此，乙肝患者在抗病毒治疗过程中要坚持定期监测，半年（24周）是关键时间节点。以拉米夫定为例，如果治疗半年时，HBVDNA转阴，说明疗效很好，可以继续单药治疗。一旦发现HBV DNA大于10的3次方，应该加用无交叉耐药的药物，（如拉米夫定加用阿德福韦酯）联合治疗，千万不可随意换药。2010年中国指南指出：发现疗效不佳，应该加药而不是换药。
治疗过程中检测药物副作用也非常重要，如CK检测：CK是肌酸激酶的英文缩写，为避免一些抗病毒药物引起的人体CK升高，大家一定要定期进行CK检测；另外肾功能也是药物安全性监测的指标。乙肝患者的检测还包括：乙肝五项、肝功能、B超和肝穿（肝穿刺活组织）等，对判定治疗状况也很有帮助。
