首先，肝脏是最容易受到病毒影响的器官，很多的肝癌患者在早期都是存在着不同程度的肝炎，随着疾病的发展慢慢的形成为肝癌，病毒性肝炎临床上原发性肝癌患者约三分之一有慢性肝炎史。国内普查发现原发性肝癌高发区肝炎发病率也高。
其次就是继发性因素，很多的肝癌患者都是因为肝脏发生硬化，简称肝硬化而导致的，肝硬化原发性肝癌合并肝硬化的发生率很高，据国内统计约为 50-90%，而肝硬化合并肝癌为30-50%。肝癌伴有肝硬化多为大结节性。此型肝硬化多属病毒性肝炎引起的肝炎后（坏死后）肝硬化。肝细胞癌变可能在肝细胞再生过程中发生，即通过肝细胞破坏-增生-异型增生而致癌变。欧美各国肝癌常发生在酒精性肝硬化的基础上，一般认为胆汁性和淤血性肝硬化与原发性肝癌的发生无关。
最后就是外因的影响，生活中的一些化学物质或者饮食因素都是可以导致肝癌的，一些化学物如亚硝胺类和偶氮苯类在很多动物中能引起肝癌。在某些肝癌高发区的土壤及水源中，发现含硝酸盐及亚硝酸盐类物质较高。而亚硝酸盐在胃内酸性条件下可生成亚硝胺，这些化学致癌物与肝癌的关系值得注意和研究。
