乙肝病毒对肝脏的损害是毋庸置疑的。不过乙肝病毒危害的仅仅是肝脏吗？不是的。
乙肝病毒侵入人体后，并不直接引起肝细胞的损害，只是在肝细胞内吸收营养赖以生存，并在肝细胞内复制、繁殖。其复制病毒的“零部件”如表面抗原(HBsAg)、e抗原(HBeAg)释放在肝细胞膜上，引起人体免疫系统对这些抗原物质产生免疫反应，这种反应造成肝细胞的损伤、坏死。免疫反应的强弱决定于肝脏受损程度及临床症状轻重。这场由病毒引发的、免疫系统对肝细胞的战争，使大约25%的患者的肝脏成为战火连绵的战场，肝脏的损伤由此加重。
肝脏是人体最重要的新陈代谢器官。乙肝病毒携带者由于其肝脏长期受到病毒的侵害，肝功能遭受破坏，从而引起一系列新陈代谢障碍。
就肝脏本身来说，肝硬化和肝癌都是乙肝发展的必然结果，所以有人说，肝炎——肝硬化——肝癌，是乙肝的“死亡三步曲”。
