慢性乙肝病毒感染有两种不同的情况：慢性乙肝病毒携带和慢性乙型肝炎。前者是携带病毒的健康人；后者已经发病了。两者不是以“大三阳”或“小三阳”来区分，而是以血清转氨酶有没有升高来决定的。
感染乙肝病毒后能不发病吗
极大多数慢性乙肝病毒携带者在小儿时期就已经感染。小儿免疫系统尚未发育完全，感染乙肝病毒后不易清除，这种状态一旦发生，会在较长时期内存在，医学术语叫做“免疫耐受性”，从而形成慢性携带。
乙肝病毒主要在肝细胞中复制，但不太妨碍细胞的新陈代谢，故不会直接引起细胞病变。慢性乙肝病毒携带者体内的乙肝病毒与免疫系统似乎可“和平共处”：病毒不引起肝细胞的炎症破坏，极大多数感染者能保持健康；感染者的免疫系统也容忍病毒在肝细胞内复制。这就是免疫耐受状态。
如果不能“和平共处”了，免疫系统就会攻击肝细胞内的病毒，同时也会引起肝细胞的损伤，这样就会发生炎症。肝细胞受损后，本来存在于肝脏细胞内的转氨酶就进入血液，这时查肝功能会出现转氨酶的升高。
这就可以理解，为什么E抗原阳性（即所谓“大三阳”）的携带者都有不同程度的免疫耐受性，也就是说，压制住了人体对乙肝病毒的免疫攻击，这样，机体既不清除病毒，也不引发肝细胞病变，血清病毒水平很高却没有肝炎，转氨酶水平也正常。
