慢性乙肝带原的患者，当身体中针对乙型肝炎病毒的免疫启动时，称为免疫活跃期。免疫活跃期时，若侦测到肝功能上升超过正常上限的两倍，合并在e抗原阴性的族群中侦测到2000 IU/mL以上的病毒数；或是在e抗原阳性的族群中侦测到20000 IU/mL以上的病毒数且此状况持续存在超过三个月以上，就会建议使用抗病毒治疗，以减少肝脏相关的并发症。使用的药物建议为：干扰素或其它口服药做为起始治疗。
不过，对于肝功能一直维持在正常上限的一至二倍这族群是否需要予以治疗，要参考当时病患的肝病进程，如明显肝纤维化或肝硬化来决定之。若其乙肝病毒数超过2000IU/mL，也建议治疗。
肝功能介于正常上限的一至二倍这族群，以及病毒数还没到达2000或20000「标准」的灰色地带，具体是否需要治疗？建议参考以下几点：
1、 年龄：超过40岁的病人，肝纤维化跟肝硬化的情形通常比较严重。
2、家族肝癌史。
3、 是否乙肝病毒的感染已经引发一些肝脏之外的病征，例如关节炎、肾炎、血管炎等。
是否开始乙肝治疗以及选用哪一种药物治疗，建议参考以下几点：
1、 是否有很强烈的治疗意愿。
2、 预估承受副作用的能力。
3、是否有自体免疫疾病、无法控制的精神疾病、造血功能低下、严重心脏病、无法控制的癫痫、以及失代偿性的肝硬化
4、 是否有生育计划：使用干扰素必须避孕，如果选择口服抗病毒药则要挑选怀孕等级较为安全的。
5、 乙肝病毒的基因型：乙肝病毒中的A型比起其他型，使用干扰素后e抗原消失以及s抗原消失的比例较高。
值得提醒的是，在免疫活跃期的慢性乙肝带原的患者，口服抗病毒治疗可以减少肝硬化、肝癌、肝功能失代偿的风险。在肝硬化的族群，可以减少肝癌的产生以及肝功能失代偿的可能性。
