一、部分乙肝小三阳患者的血循环中仍有较多乙肝病毒颗粒存在，病毒仍在活跃复制，其肝损伤还相当严重。这是由于这部分患者体内的乙肝病毒发生了基因突变，使HBeAg表达缺失，化验HBeAg为阴性。因此在慢性乙肝中乙肝小三阳不能作为病毒复制下降的绝对指标。乙肝小三阳时肝病有可能继续发展，并逐步演变成肝硬化。事实上，无论乙肝大三阳还是乙肝小三阳，只要肝功能不正常，就要把握好乙肝小三阳的最佳治疗时机，及时对症治疗。
二、随着患者年龄的增加，病毒有从乙肝大三阳向乙肝小三阳自然转变的趋势。年轻人多表现为乙肝大三阳，年龄大的人（40岁以上）的患者则乙肝小三阳居多，尤其是肝硬化和肝癌患者，大部分是乙肝小三阳。如此看来，乙肝小三阳者也未必都是轻患者。此外，当机体免疫功能低下时，乙肝小三阳亦可向乙肝大三阳转化。
