侵害肝脏
小三阳的影响是病毒对肝脏损伤，影响肝功能，出现食欲不振，浑身无力，很容易疲劳。严重的患者会出现面黄，巩膜黄等症状，甚至出现肝区疼痛。尤其是对于乙肝小三阳无症状表现的患者来说，如果不进行保健和治疗的话，体内病毒不断的复制增多，从而造成体内乙肝病毒量变引起变异，临床上很多患者恶化为肝硬化甚至肝癌。
诱发并发症
乙肝小三阳会对肝外组织产生影响，产生多种并发症。最近的研究发现，在肝外的很多器官组织中，也能检测到乙型肝炎病毒抗原和乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸。它们以免疫复合物的形式沉积于肝外的器官组织中，在临床上可以引起很多疾病。对其他器官的侵犯有肾，胆，心脏等器官的侵犯，对关节，血液的侵犯。
损害心理健康
此病还会影响患者的工作和学习，对心理健康带来困扰。因为大家现在都怕被小三阳传染，存在着乙肝歧视。会造成很多生活和工作的不便，以及困扰。
