1、乙肝小三阳转氨酶高的原因之一：可能感染了一种前C区变异的乙肝病毒。
这种前C区变异的乙肝病毒感染在欧洲地中海地区和亚洲地区多见，其流行率占慢性乙型肝炎的40%～80%。这样的乙肝小三阳患者尽管血清HBeAg阴性，体内仍存在长期的低水平乙肝病毒DNA的复制，乙肝小三阳病情仍可不断进展。乙肝小三阳患者常伴有持续性或间歇性血清转氨酶升高，导致进行性肝病，且干扰素治疗乙肝小三阳的疗效往往不佳。乙肝小三阳患者可以通过检测血清HBVDNA来确诊。如果HBVDNA阳性，就很可能是这种前C区变异的乙型肝炎感染。
2、乙肝小三阳转氨酶高的原因之二：乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
这是由于感染乙型肝炎病毒后，病毒改变了肝细胞膜的一些成分，使人体的免疫系统对自身的肝细胞发动了攻击，造成了肝损伤。这种情况多见于乙肝小三阳女性患者。乙肝小三阳患者可通过检测自身抗体来确诊。如果自身抗体中的某项指标为阳性，就有可能是这种乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
3、乙肝小三阳转氨酶高的原因之三：可能重叠感染了其它肝炎病毒。
4、乙肝小三阳患者还容易重叠丁型肝炎感染。如果排除了以上两种因素，乙肝小三阳患者也可以检测一下丙型肝炎病毒和丁型肝炎病毒的指标。
