肝区疼痛的原因就在于肝脏的包膜上。生物体有自我保护的本能，为保护肝脏，使肝脏和其他内脏器官隔开来，肝脏表面省一层薄薄的包膜，包膜有丰富的痛觉神经。肝脏在发生病变时，肝组织会因发炎而充血、水肿。使肝脏膨大起来，抡紧外层包膜，于是刺激了痛觉神经，疼痛就产生了。医生体检触模到肿大的肝脏时，患者就会觉得疼痛。因此，医生在给患者做肝脏穿刺时经常打麻药。
肝区疼痛常是较轻的、持续的隐痛，要注意的是肝肿瘤时的疼陷，虽有点像肝炎时的疼痛，但因癌细胞发展迅速，肝脏快速膨胀，疼痛要比肝炎时产生的疼痛剧烈，省的患者甚至难以忍受，常需使用止痛药。
肝区会牵涉到一·些相邻的脏器，所以，疼痛也需加以区别。如胆管、胆囊、右上腹的肠子及胃的下端，都是肝脏的邻居，虽然各司其职，但有时也会城门失火，殃及池色，闹起病来，广生疼痛，有些容易与肝脏疼痛混淆不清。不过，这些内脏都是管状、空心的。发炎或梗阻时也会产生疼痛，但疼痛性质不同，多属于较为剧烈的痉挛性绞痛，通常呈现间歇性发作。因为这些空心脏器的感染多届细荫性感染，所以，常伴省较为明显的发热症状和白细胞增高。
另外，省时肝区的皮肤也会有痛感，但疼痛往往是一过性、闪电样的刺痛，大多数是皮肤神经性疼痛。
