由于自身免疫性肝病在国内较为少见，所以一般教科书对它们的描述较为简略，多数临床医生对此类疾病的警惕性也不高。随着国内肝病学术界对自身免疫性肝病认识的不断深入和各种自身抗体检测技术的日益普及，近年来在临床上发现的此类病例迅速增多，国内文献中的相报道也不断增加。进一步提高自身免疫性肝病的认识，形成清晰的诊断思路，必将有助于提高诊断和治疗水平。
在我国，病毒性肝炎无疑是最常见的肝病，但并不是惟一的病因。随着人民生活水平和卫生条件的不断改善，其它非传染性肝病的重要性已日益凸现出来。因此，在临床上遇到任何肝病患者，如果血清肝炎病毒（甲～戊型）现症感染的标志物阴性，就应该考虑到化学损伤性（如药物、酒精及其它有害物质）、脂肪代谢异常（如非经酒精性脂肪性肝疾病）、血管异常（如门静脉、肝静脉或下腔静脉异常）、遗传代谢性（肝豆状核变性、血色病或α1抗胰蛋白酶缺乏症）及自身免疫性肝病。通过详细询问病史、仔细体格检查及初步实验室和影像学检查来判断可能属于那一类，再根据各自的特点进行特殊实验室检查以明确诊断。另外，对于新发现所谓肝炎病毒的检查结果的解释应当谨慎，因为其致病性尚未得到学术界的公认。
在初步确定为自身免疫性肝病后，应根据其各自的特点进一步区分为哪一种具体疾病。AIH主要表现为肝细胞炎症坏死（转氨酶升高为主），对肾上腺皮质激素疗效很好；而PBC和PSC主要表现为肝内胆汁淤积[以碱性磷酸酶（ALP）和γ谷氨酰转肽酶升高为主，临床上主要应用熊去氧胆酸治疗。
AIH多发于女性，男女之比为1:4，有10～30岁及40岁以上两个发病年龄高峰。大多数患者表现为慢性肝炎，约40%患者以急性肝炎起病，偶有以暴发性肝功能衰竭为发病者。其诊断要点为：（1）首先排除遗传代谢性疾病、酒精性或中毒性肝病；（2）血清转氨酶（AST、ALT）明显升高、球蛋白、γ球蛋白或IgG≥1.5倍正常值上限；（3）自身抗体阳性，如抗核抗体（ANA）、抗平滑肌抗体（SMA），或抗肝肾微粒体抗体1≥1:80 (成人)或≥1:40（儿童），但抗线粒体抗体（AMA）阴性。也有部分患者抗中性粒细胞胞浆抗体（ANCA）、抗-可溶性肝脏抗原/肝－胰、抗-肝胞质抗原 -1或抗-乏唾液酸糖蛋白受体阳性；（4）肝脏病理学改变：界面性肝炎，且无胆管损坏、肉芽肿或提示其它疾病的病变。对于诊断有困难者可参考国际自身免疫性肝研究小组制定的记分系统来评价。
PBC多累及中老年女性，男女比为1:9。美国肝病学会其诊断程序为：（1）对于血清ALP升高且无其它解释（B超检查胆道系统正常）者，应测定 AMA；如果血清AMA阴性，则应做ANA、SMA及IgG检查，同时应做肝活体组织检查；（2）如果胆汁淤积有生物化学改变（ALP、γ-谷氨酰转肽酶升高）且无其它解释，同时AMA≥1:40, 则可诊断为PBC；（3）如果血清AMA≥1:40, 但血清ALP正常，则应每年复查。
对于同时具有PBC（ALP升高2倍以上，AMA阳性，肝脏有胆管损害）和AIH（ALT升高5倍以上，血清IgG升高2倍以上或ASM阳性，肝脏中度以上碎屑样坏死）主要特点各2个以上者，应诊断为PBC和AIH重叠综合征。
PSC多发于中青年男性，70%左右的患者合并炎性肠病（主要是溃疡性结肠炎）。其特征性病理改变为胆管纤维化性炎症，可累及肝内、肝外胆管或肝内外胆管同时受累，诊断主要依靠典型的ERCP改变。PSC的主要诊断依据：（1）临床症状和体征病史（乏力、瘙痒、黄疸、肝脾肿大及炎性肠病的表现）；（2）血清生物化学改变（ALP升高）；（3）胆管造影上有硬化性胆管炎的典型改变（肝内外胆管狭窄与扩张相间且呈串珠状改变）；（4）除外其它引起硬化性胆管炎的病因。自身抗体检查，特别是ANCA阳性支持本病的诊断，但不具特异性。肝组织病理学检查有助于除外其它病因和进行分期，但是由于病变的局灶性分布及肝活体组织检查取材过小等因素，仅30%的患者发现典型的PSC改变，约5%～10%的患者肝活体组织检查正常。
肝炎病毒（特别是乙型肝炎和丙型肝炎病毒）感染有时也会诱发一些自身免疫现象，例如出现自身抗体和与自身免疫有关的肝外表现等；病毒核酸检测有助于鉴别。AIH需要给予激素等免疫抑制治疗，而病毒性肝炎常需给予干扰素等增强免疫应答的药物；如果对这类疾病给予相反的治疗有可能加重病情。因此，区别 AIH和肝炎病毒所引起的自身免疫现象极为重要。
