由于肝脏具有强大的代偿功能，一些轻微的组织病变不一定会出现临床表现。此外，一些肝病患者根据临床症状及血清学检测结果无法判断其疾病的种类和程度时，通过肝脏活检可以准确地观察到肝细胞坏死程度和纤维组织增生程度。如一些资料表明，临床上肝功能正常的乙型肝炎病毒携带者，经肝活检发现约有10％的人肝组织基本正常，70％的人肝组织有轻微的病变，20％的人有慢性活动性肝炎或肝硬化。前80％的感染者可暂时不进行治疗，而后面20％的患者则需要及时治疗。一些肝组织损伤较重的患者，通过对肝脏病变范围和程度的观察，还可以对病变的发展和预后做出评估。此外，在治疗过程中，如使用干扰素、拉米夫定等抗病毒药物，通过对治疗前后肝组织炎症和纤维化程度的对比，判断该药对患者的疗效，以确定进一步的治疗方案。
对于慢性肝病患者，穿刺出的肝组织不仅要在病理科做普通染色，而且还需做Masson、网状纤维等特殊染色，判断纤维化程度。另外，对一些诊断不明确的病人还需要做HBsAg等病毒学及细胞因子的免疫组织化学检测。而另一些患者的肝细胞浆内和肝细胞膜上如果检测出大量的HBcAg，则提示病毒复制活跃，这些患者需要进行抗病毒治疗。此外，有些患者血清病毒标志物均为阴性，查找不到病原体，通过免疫组织化学染色方法还可以检测出某些病毒，从而明确诊断。
临床上对肝移植术后病人定期进行肝活检，有助于早期发现有无急性排斥反应等肝移植术后并发症。临床医生及时调整免疫抑制剂及其他药物或采取其他治疗手段，可预防或协助病人安全度过危险期。
因此，肝组织活体检查是肝病诊断时必不可少的一种检测手段和依据，在多数情况下是肝病临床诊断病情的“金标准”。部分病人对肝穿抱有畏惧心理，其实肝穿并不可怕。术前应进行血小板计数，出、凝血时间，凝血酶原活动度检查，确定在正常范围内。然后经B超定位，找到最适合的肝穿部位，局部麻醉后，用细针穿入肝包膜，随医生“吸气—呼气—屏气”。在屏气的一刹那间，医生即将穿刺细针刺入肝脏，取出直径1毫米、长度1～1.5厘米的肝组织，全程仅需1～2 秒钟。术后平卧2～6小时，24小时内不洗澡，第二天就可正常上班，对身体没有影响。
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肝穿又称肝组织活检，通常使用一种特制的穿刺细针，利用负压原理，在B超引导下穿刺取出一小块肝组织。此检查痛苦小，成功率高，是一种普遍使用的常规肝病检查方法。取出的肝组织经切片染色后，在显微镜下直接观察肝细胞的形态及病理改变。肝活检因能直观了解肝组织的病理变化，在肝病诊断中起着极其重要的作用。
