CT扫描对PHT及其病因学诊断具有重要意义。CT图像可明确显示PHT三联征，对大多数侧支静脉开放的检出率相仿于或超过动脉性门静脉造影检查。如McCain证实，CT扫描对脐静脉和腹膜后静脉曲张的检出率（97％与100％），显著高于动脉性门静脉造影（17％与30％）。CT扫描对肝外型PHT诊断亦有重要价值，如准确提示门静脉血栓或瘤栓征象，在Budd-Chiari综合征时，可发现下腔静脉内的膜状物和肝静脉内有血栓形成。近年来采用经动脉插管注入造影剂后CT扫描检查法（CT动脉性门静脉造影），能更清晰地显示门脉主干及其4-5级分支。其它，CT显示的肝脏大小、形态、密度改变，对肝硬化和血吸虫病性肝纤维化的诊断，也能提供一些特征意义的图像。
MRI与CT一样，显示PHT的三联征，特别对门-体侧支循环开放检出率高。由于流空效应及自旋回波序列，侧支血管表现为无信号黑色管状结构，在矢状位清晰显示脐静脉与脐旁静脉；轴位图像较好显示胃冠状静脉、脾静脉与左肾静脉；冠状位可见到胃-食管静脉曲张与肠系膜曲张静脉。MRI对门-腔静脉分流术后吻合口通畅情况，作出无损伤性的有效判断。
