肝硬化结节：肝硬化结节最容易被诊断为肝癌，因为多数原发性肝癌会发展为肝硬化，而肝硬化严重者会出现大量增生结节，这种结节与早期肝癌较难区分，建议进行超声或CT引导下穿刺活检，以便准确诊断。
肝血管瘤：肝血管瘤和肝细胞癌易混淆，其实血管瘤生长缓慢，一般没有慢性肝病病史，临床无乏力、纳差、腹胀等表现，体征也不会出现肝掌、蜘蛛痣、黄疸、双下肢水肿等。
不均匀脂肪肝：部分脂肪肝患者有不均匀的脂肪堆积，有时难以和肝癌区别。临床上，脂肪肝不会有肝癌患者的全身表现，如腹胀、腹泻、右侧肝区不适、消瘦等。
肉芽肿：一些女性患者因口服避孕药、寄生虫感染或者自身免疫功能紊乱等原因，肝脏会出现孤立光滑且完整的结节，影像上难以和肝癌区别。建议进行超声或CT引导下组织学检查。
肝脓肿：患者有乏力、低热、消瘦、肝区不适等临床表现，发病初期难以和肝癌鉴别，需要结合血常规、AFP、肝功等生化指标综合判断。
如果想明确诊断，还要留意以下危险因素：是否有慢性乙、丙肝病史，是否有进食或接触黄曲霉素病史，是否有长期酗酒史，是否有肝癌家族史。另外，肝癌患者可能会出现巩膜轻度黄染、肝掌、蜘蛛痣；中晚期会出现肿大淋巴结，双下肢轻度水肿，而良性病变患者没有以上体征。
