诊断肝癌常用的辅助检查有甲胎蛋白检验、B型超声波、电子计算机体层摄影（CT）及核磁共振（MRI）等。如果血甲胎蛋白值大于每升血400微克，持续三个月并能排除慢性肝病和生殖系统恶性肿瘤，就可诊断肝癌。单靠甲胎蛋白不能诊断所有的肝癌，因为尚有30％－40％的肝癌病人甲胎蛋白阴性。对于这些病人的诊断要依赖B型超声波的检查。CT及MRI对肝癌的诊断也很有帮助，它和B型超声波结合能提高肝癌诊断的正确率。此外腹腔镜检查可以快速而直观地检测肝脏情况，必要时，可通过摘取病变组织做病理切片，以直接检测肝癌及其分级和分化程度。肝穿刺，可通过B超引导下的经皮肝穿，抽取少量肝组织做病理切片，以明确诊断。剖腹探查：目前已少做。多种先进检查方法的开展，大多已不需要剖腹，除非在需要同时尽快手术的情况下，进行肉眼和显微镜下的快速组织切片以确定诊断时。腹腔镜、肝穿刺等均为创伤性检查方法，对肝细胞功能均会造成一定损害，一般应尽量少用。肝血管造影、同位素扫描、肝血流图等方法以前应用较多，因大部分均可由B超、CT、核磁共振（MRI）检查并明确诊断，其应用范围日渐缩小。
