选择保肝药物时应掌握两个基本原则。
一是根据病因和病情选择保肝药。除了先天性肝病外，几乎所有肝病都是有炎症的，所以抗炎类的保肝药可以被视作通用药。当然也不完全如此，比如，脂肪性肝炎和自身免疫性肝炎就不是以“消炎”为主，而是要保护细胞膜和抑制异常免疫；如果肝炎已经进展为肝硬化，甚至进入了失代偿阶段，那么在保肝药的清单里就得增加一些可以协助肝脏解毒的药物；对于重型肝炎（肝衰竭），此时的肝脏已经不能维持基本功能，就需要在保护残存肝细胞的基础上采取促进肝细胞生长和各种替代治疗的措施，比如使用改善肝脏微循环、促肝细胞生长因子等药物，补充白蛋白和凝血因子等等，这些手段也属于保肝的范畴。需要特别提醒的是，要区分降酶药和保肝药的用途。临床上降酶药的使用很不规范，联苯双酯和垂盆草等降酶药用得过滥。当前学术界对降酶药的作用机制还存在争论，绝大多数学者反对把降酶药列为保肝类药物。降酶药仅仅起到降低转氨酶的作用，是典型的治标或对症治疗药物，短期内用于改善乏力、纳差、恶心和呕吐等症状是有益的，但治肝病不能以降酶为主要目的。
二是要减少同时用药的种类。如前所述，保肝药绝对不是多多益善，过多保肝药同时使用会适得其反。单纯的转氨酶轻中度升高的非进展期肝病，不超过两种药物足矣；如果合并黄疸或病因比较复杂，或多种肝损害因素同时存在，或肝病很严重，可以适当增加保肝药的种类，当然要根据不同作用原理进行配伍；如果是重型肝炎，同时使用5种以上的保肝药一般是不合适的。肝衰竭病人，肝脏中存活的肝细胞已经寥寥无几，病理学上通俗和形象地称之为“一片荒芜”，这种情况下用药是要特别谨慎的，一定要以避免进一步加重肝脏负担为首要，多用药物有害无益。对这种病人我在查房或会诊中往往是先对医生的用药进行计数，然后再看药物种类，最终一定要对过多用药进行削减。
