肝脏炎症持续存在也就意味着肝脏损害不断加重。由此可见，只要病因不能被及时清除，那么保肝药的使用时间就应该是持续和长久的；相反，病因一旦消除，肝脏炎症反应就会终止，那么就没有理由继续使用保肝药物。关于保肝药的所谓“疗程”的提法其实是一种多年形成的认识误区。
一般来说，转氨酶和胆红素是作为保肝药的停药和调药的参考指标。一旦这两个指标恢复正常，保肝治疗的目标就达到了，可以考虑逐步减少直至停药。把转氨酶和胆红素是否正常作为停药的标准也有一定局限性，最可靠的、被称之为“金标准”的应该是肝脏穿刺病理检查，也就是通过显微镜下观察来判断肝脏的炎症是否好转了。不少病人转氨酶虽然正常，但是病理损害却很严重，这类病人需要继续保肝治疗，这正是不少医生在病人转氨酶正常后仍然嘱咐继续使用一定时间保肝药的根据。如果能够对每一个病人用肝穿病理结果来确定保肝治疗时间当然是最理想的。遗憾的是目前还不能给每一个病人做肝穿尤其是二次以上肝穿，大多数病人或家属对肝穿有恐惧心理。
当然，也可以根据治疗肝病的三个目标来确定保肝药物使用的“疗程”。第一，病因治疗加保肝治疗。比如，慢性乙型肝炎或丙型肝炎在使用抗病毒药物时，一方面肝炎本身表现为转氨酶明显升高，另一方面在抗病毒药物使用之初，不少病人会出现比治疗前更高的转氨酶水平，这两种情况下都需要辅以保肝治疗药物，一般在转氨酶恢复正常后就可以停止使用，而没有必要与抗病毒药物全程合用。再比如，对于超重（肥胖）相关的脂肪肝患者，如果肝损害比较严重，转氨酶水平较高，可以适当使用保肝药，在节食和运动疗法取得明显效果后就可以不再使用保肝药。第二，单纯保肝治疗。药物性肝炎的主要治疗措施是停止使用导致肝脏损害的药物后采取保肝治疗，转氨酶或胆红素正常后就可以停药。酒精性肝炎的处理与此相同。对于一些无法确定病因的所谓“不明原因肝损害”、病因治疗失败或者不适合针对病因治疗者，可能要长期用药，以减轻炎症，延缓肝损害进展和加重。第三，预防性使用保肝药物。结核病和肿瘤患者，可以在抗结核和化疗之前短暂或治疗期间预防性使用保肝药物，停止抗结核或化疗之后就可以不再使用保肝药。
