治疗过程中如发生耐药，原本有效的抗病毒药物，抑制病毒的能力会大大降低，即便增加剂量或更换药物，疗效也不如在初治时就选择强效、低耐药的药物效果好。
同时，耐药还会造成病情反复、病情恶化等不良后果，更为严重的是药物之间会交叉耐药，比如病毒耐药、换药、再耐药，给后续治疗带来极大困难。耐多种药物的乙肝患者可能花了钱，又回到了治疗的起点，到最后可能是无药可用，没有治疗方法可选择。
南方医科大学附属南方医院感染内科主任侯金林教授也指出，慢性乙肝治疗时机很重要，初始治疗的药物选择更关键。比喻为拳击比赛，一点也不过分，要打就要打对方要害。如果能在初始治疗时，选择既强效又低耐药的抗病毒药物，就能保证乙肝治疗长期有效，最终控制乙肝病情进展。
