治疗乙肝的原则是：
1．抗病毒治疗，阻断乙肝病毒复制；
2．抗纤维化治疗，阻止纤维化发展，阻止肝硬化；
3．调节免疫，提高机体免疫功能；
4．改善症状；
5．改善肝功能。
治疗乙肝的主要目的是通过阻断乙肝病毒复制，清除乙肝病毒，才能达到阻止纤维化发展、改善症状、改善肝功能和提高免疫功能，真正达到治疗目的。
从病毒的结构看，表面抗原是病毒颗粒的外壳标志物，而真正引起病毒复制、传染，最后引起肝细胞损害的根源是病毒的DNA。病毒DNA是病毒颗粒的核心部分。在临床上，有些病人通过治疗后出现病毒变异或病毒含量少或逃避免疫检测，导致检测不出来，这种“转阴”是假转阴。临床上还有发现乙肝“五项指标”假阴性。所以乙肝要不要服药治疗，关键要看乙肝病毒（HBV-DNA）是阴性还是阳性。
如果乙肝病毒阴性才是真正的没问题，HBV-DNA阴性才能不引起肝损害、传染等危害。如果HBV-DNA阳性，（包括已出现乙肝“五项指标”全部阴性或少数的已出现表面抗体阳性，或表面抗体伴核心抗体阳性）就必须接受治疗。因为这些情况有病毒变异或变异株、野生株病毒同时存在，因此测乙肝“五项指标”测不出来，而HBV-DNA可以测出来。
另一方面值得注意的是，一些检测HBV-DNA的定性、定量设备不先进，少量的病毒测不出来，医院就不出阳性报告。
