干扰素对于水平传播、青年、女性、转氨酶相对比较高、病毒量相对较低、病程较短的病人疗效较好。一般使用一年，如果达到了临床治疗的终点（转氨酶正常、e抗原消失或出现e抗体、DNA到了不可检测水平，甚至出现表面抗原转阴），可以停药。但是少数病人停药后会复发，有意思的是，使用干扰素后复发的病人还可以再用干扰素。近年新上市的聚乙二醇化干扰素（哌罗欣，佩罗能），由于半衰期长，有效血药浓度稳定，进一步提高了抗病毒治疗效果。但是，干扰素有一定的副作用，对肝功能失代偿等病人就不适用。
核苷类似物是口服用药，比肌注干扰素方便，使用范围广，肝硬化、甚至肝衰竭等重症病人都能使用，而且副作用比较小。过去使用较多的是拉米夫定，许多病人从中受益了，但近来发现出现耐药的比例较高，而一旦耐药，处理比较困难。近3年又有了3个新药——阿德福韦、恩替卡韦、替比夫定上市，恩替卡韦、替比夫定抗病毒速度快，恩替卡韦及阿德福韦酯耐药发生率低，换用恩替卡韦或者联合使用阿德福韦可以部分解决拉米夫定耐药的问题。但和干扰素相比，核苷类似物也有缺陷，比如，它们只能抑制病毒复制不能清除病毒，所以至今还不能确定治疗疗程。对于由慢性乙肝所引发的肝硬化病人，国际上主张终身用药；其他乙肝病人的具体疗程，有待今后进一步的临床观察。
