作用机制之争
慢性乙肝患者体内乙肝病毒持续复制和机体对病毒的反复免疫清除，对肝脏造成慢性损伤。乙肝病毒与人体免疫系统的斗争形成了拉锯战。基于这种情况，人们对抗乙肝病毒有两个策略，一是让病毒复制的能力受到抑制，二是让机体免疫清除能力再强一些。
●干扰素和核苷（酸）类似物都具有抑制病毒复制的作用。
●干扰素兼具抑制病毒和提高机体免疫清除能力的作用。其中，长效干扰素——聚乙二醇干扰素ａ-2a（商品名：派罗欣）的效果更好，它已被美国食品药品监督管理局（FDA）、欧盟以及中国等国家和地区批准用于乙肝治疗。
优点之争
●核苷（酸）类似物抑制乙肝病毒能力强，适用于各种慢性乙肝、肝硬化等患者，口服方便。治疗后HBV复制能快速得到抑制。
●与核苷（酸）类似物相比，在1年左右的疗程内，经聚乙二醇干扰素ａ-2a（派罗欣）治疗，e抗原转变为e抗体的比例较高（医学上将上述转换过程简称为e抗原血清转换），意味着疾病得到控制，少数治疗者乙肝表面抗原甚至可消失，且年轻患者使用效果更好。
缺点揭短
●核苷（酸）类似物e抗原血清转换率比较低，需要长期治疗，停药后容易复发。长期应用都会发生耐药变异，如拉米夫定诱导的乙肝病毒耐药变异发生早且发生率高，新近批准使用的核苷（酸）类似物虽然报道耐药发生率低，但仍需进一步观察。
●干扰素需要皮下注射，普通干扰素一周要注射三次，长效干扰素聚乙二醇干扰素ａ-2a也要一周注射一次。使用干扰素副作用明显，如出现流感样症状、周围血象下降等，经对症治疗或停药后可自行恢复。价格比较高也是此类药物的缺点之一。
疗效之争
看了上面的比较，那么哪类药疗效好呢？其实，药物疗效好不好取决于药物和使用者个体情况两个主要因素。
●聚乙二醇干扰素ａ-2a（派罗欣）在e抗原血清血转换优势强、治疗疗程明确，且不会发生停药反跳以及耐药变异，是初治病人以及年轻病人的理想选择。但其价格高，有一定的副作用，有的患者不能坚持完成疗程，那样就达不到预期的疗效。
有的患者难以承受，那样就达不到预期的疗效。
●核苷（酸）类似物能有效地抑制病毒，且服用方便，但治疗时间比干扰素长，强调维持治疗。已发生肝硬化的慢性乙肝者，若把核苷（酸）类似物（如拉米夫定）像高血压、糖尿病药物一样终身服用，很容易诱导病毒耐药变异，给后续治疗带来困难。
治疗时机与治疗目标一致
尽管两类药物存在不少差异，但在什么时候可以进行抗病毒治疗（抗病毒时机），以及什么时候算达到治疗目标了（治疗终点），这两个方面是一致的。
●抗病毒时机只有那些转氨酶高于正常值上限2~10倍，并存在HBVDNA大量复制证据的人才适合抗病毒治疗。选择这个时机抗病毒，原因在于机体免疫系统对病毒有“轰轰烈烈”地反抗，免疫系统被充分调动起来了，这时候用药将达到更好的疗效。
●治疗终点患者无论接受哪类药的治疗，当检测“乙肝两对半”指标时，若e抗原消失、e抗体出现，就可以视为达到临床认可的治疗终点了。但达到治疗终点并不意味着要立即停药，临床上一般还会进行一段巩固治疗，尤其是核苷（酸）类似物，一般还会做6~12个月的巩固治疗。
医学界正在尝试两药联合治疗
国际和国内正在尝试干扰素和核苷（酸）类似物联合治疗慢性乙肝，但是否可提高疗效，或有多大程度提高疗效，还需要有更多的临床依据。
