从性别来说，乙型肝炎男性的发病率高于女性，表面抗原携带者男性亦多于女性。大多数认为男性受感染的机会较多，男性感染乙肝病毒后不容易将病毒消除，而易成为慢性乙肝病毒携带者，且易转成慢性肝炎、肝硬化；而女性感染乙肝病毒后易产生免疫力，将体内病毒清除，因此，表面抗体阳性率高于男性。一般统计表明：男性肝硬化是女性的3~4倍，原发性肝癌男性也是女性的4倍以上。
对这个性别差异问题，至今没有一个令人信服的解释。
乙肝表面抗原发现者，美国科学家对此现象提出了一个尚未证实的“男性相关抗原”假说。此假说认为，男性组织中有与乙肝表面抗原共同的抗原成分。因此感染乙肝病毒后，免疫系统把它当成“自身”组织抗原，而与其和平共处。这就是说，男性感染乙肝病毒后，不容易清除而易成为乙肝表面抗原携带者。相反，女性组织中与乙肝表面抗原没有共同的抗原成分，故感染后免疫系统将其视为“非已成分”与其殊死搏斗，将病毒清除，并以体内产生表面化抗体为结局。有人认为，男性多于女性是男性社会交往多，感染机会多所致。但不能解释为什么在肾移植者中，男女感染机会相同（如输血、血透析、手术等到），但男性易成为携带者而女性就较少。乙肝表面抗原阳性者，移植男性肾脏就容易成活。而乙肝表面抗原阴性者，移植男性肾脏就易产生排斥反应。从现象看，似乎乙肝病毒确有“嗜男性”的特点。总之，对乙肝患者男女性别之悬殊现象，不久将会随着医学发展，作出科学的解释。
