总目标分为两种，即近期和远期目标。
近期目标：根据美国肝病学会和欧洲肝病学会抗乙肝疗效共识，均推荐病毒定量终点为保持＜105copies/ml，使病人处于非活动性HBsAg携带状态；对HBeAg阳性病人则需要达到HBeAg/抗HBe长期保持血清转换状态（即HBeAg转为阴性，抗HBe转为阳性）；ALT保持正常和肝组织学指数好转（仅有陈旧性病变或轻微炎症）。
远期目标：预防发展成肝硬化和肝细胞癌，提高病人生活质量。
从这两种目标分析，前者为前提，后者是结果，只有通过抗乙肝病毒治疗，使处于乙肝病毒明显复制的肝炎病人，转为乙肝病毒无明显复制的非活动性HBsAg携带者，这样即可减缓甚至是终止向肝硬化和肝细胞癌发展的进程，从而提高病人的生活质量。因此说，对乙肝治疗不能鼠目寸光，要看得远，当防“近视”着重远期目标。
如果拘泥于几个阳性未消，就总觉得不踏实，忧心忡忡，这对病情康复十分不利。殊不知在HBV五项指标中除HBeAg（e抗原）外，其余四项如有阳性，尤以抗HBs（表面抗体）阳性是最好的，这是一种对HBV具有保护作用的抗体；抗HBe（e抗体）阳性次之，是疗效较为巩固的标志；抗HBc（核心抗体）阳性与否临床意义不大；HBsAg（表面抗原）转阴了，则提示抗乙肝病毒治疗已具备了完全应答的条件（是抗乙肝病毒治疗效果最好的一种），是疗效最为巩固的表现。可见，从抗乙肝病毒来讲，目前并不强求其都要阴转。
