很多乙肝患者不愿接受服用核苷类似物抗病毒治疗，他们认为若选择核苷类似物的话，意味着长期吃药，很难停下来，如同上了“贼船”。然而，实际上，口服核苷类似物也不一定终生服药。服用核苷类似物治疗乙肝一般服药时间都要求二年以上，大三阳患者需服药至转为小三阳，再维持1年后，可考虑停药，否则，过早停药，病毒将反弹。而小三阳患者，服药至乙肝病毒表面抗原转阴，方可停药。肝硬化患者需要终生服药。
乙肝顽疾治疗起来非常困难，主要是没有特效药物将乙肝病毒一举歼灭，目前杀病毒的药物包括两大类，即干扰素类药物和核苷(酸)类药物(拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定)。干扰素作用较广泛，除了抗病毒还有免疫调节、抗纤维化等作用，e抗原的血清转换率高于核苷(酸)类药物，适合于年轻的、肝功能处于代偿期、高转氨酶、中低水平乙肝病毒DNA并希望接受短期疗程治疗的患者，但其耐受性差，副作用多，要在有经验的专科医生指导下治疗，定期监测。疗程一般为48周。核苷(酸)类药物主要通过抑制病毒DNA聚合酶和逆转录酶起作用，乙肝病毒DNA的抑制作用强于干扰素，但e抗原血清转换率相对较低。 这二类药物并非特效药物，疗效也不是100%，只有选择合适的治疗对象，正确坚持治疗方可奏效，获得彻底治愈的概率10%左右，基本治愈的概率为50%左右。
干扰素α是第一个批准用于慢性乙型肝炎抗病毒治疗的药物。在国内外均有大量随机双盲对照的多中心临床研究的报道，临床
应用中也积累了丰富的经验。相对而言，此类药物的最大优点在于能增强患者对病毒的免疫清除能力，使之获得持续应答，并且能在停药后维持免疫应答，减少复发率。一般来说，干扰素α治疗HBeAg阳性慢性乙型肝炎的持续应答率高于HBeAg阴性患者。新近研发的聚乙二醇化干扰素α(PegIFN α)由于延长了干扰素在体内的代谢时间，减少了药物峰谷浓度差，稳定药物的有效浓度，因而提高了疗效。干扰素的优点：①疗程相对地固定，而核苷类药物的疗程则相对不固定;②干扰素治疗HBeAg阳性乙肝时，其血清学转换率较高(由HBeAg转换为抗-HBe)，一旦取得，就比较持久，有人认为干扰素有“后续作用”，停药后仍有“转阴”效果;③病毒耐药变异少，复发率低，而核苷类药物在停药后多有复发。④儿童和未生育的青少年优先考虑使用干扰素。⑤最好用于没有乙肝家族史的后天感染者。缺点：①对HBV DNA的抑制没有核苷类药物强和快;②需要注射给药，不方便，而核苷类药物为口服，每天1片，非常方便;③不良反应明显，如发烧、身痛、关节痛、疲乏、掉头发等，有骨髓抑制现象(白细胞、血小板减少等)，还可发生精神异常如妄想等.④另外一个重要缺点是适应症没有核苷类药物宽广，肝功处于失代偿期(包括晚期肝硬化和重型肝炎)不能
应用，乙肝合并妊娠也不能用干扰素。
近年来核苷(酸)类似物治疗慢性乙型肝炎的临床研究进展迅速。研究涉及的病人数量多，范围广，包括不同区域和人种，持续时间长，有的研究已经有长达10年的结果。研究的对象包括HBeAg阳性和HBeAg阴性患者，代偿性和失代偿性肝硬化患者，接受化疗或免疫抑制剂治疗的患者，肝移植患者等。研究方法科学、客观。核苷(酸)类似物作用于病毒逆转录酶，直接抑制病毒复制，核苷类似物的优点是：具有起效快、作用强、口服方便、不良反应少等特点。缺点是：由于难以彻底清除病毒，需要长期用药，但在长期用药的过程中可能发生耐药突变，且耐药率逐年升高。总体来说，经核苷(酸)类似物治疗后患者的血清HBV DNA水平迅速下降，部分患者可降至检测范围以下(PCR法)，ALT水平下降或复常，HBeAg阳性的部分患者出现HBeAg阴转或血清转换，肝组织学炎症或纤维化指数改善。长期治疗和耐药突变监测是成功治疗的关键。同干扰素相比较，核苷(酸)类似物具有以下优点：(1)起效迅速，能在较短时间内抑制HBV复制，达到血清HBV DNA测不到的水平。(2)口服给药，服用方便，不受时间、地点的限制;而干扰素需要注射，还需要低温保存(冰箱冷藏)，如果经常出差就很难
应用了。(3)副作用极少，具有良好的耐受性，即使晚期肝硬化患者也能安全使用。(4)价格比干扰素便宜，治疗期间的花费比干扰素少得多。但是核苷(酸)类似物仅能抑制乙肝病毒复制而不是杀灭病毒，停药后容易复发，所以需要长期服用，没有确定的疗程。再有，这类药物可引起乙肝病毒耐药变异，一旦出现耐药就需要调整治疗方案;如果出现多重耐药，进一步治疗就会非常棘手。核苷类似物治疗乙肝的适应人群较为广泛，如果是成年人，乙肝病毒复制指标阳性，肝功反复异常即可使用，包括慢性乙肝、肝硬化和重症肝炎。但是核苷类似物具有不同程度的生殖毒性，所以育龄妇女和未婚女性应该慎重使用。另外慢性肾炎、肾功有问题者，不宜选用阿德福韦。高强度体力劳动者不宜使用替比夫定。在美国和欧洲，因拉米夫定耐药率较高，除了用于在化疗或怀孕过程中需进行短期抗病毒预防治疗的患者、HBV/HIV共同感染者外，不推荐作为一线用药。在亚太地区包括我国，拉米夫定抗病毒作用较强较快，价格低，安全性好，治疗各种HBV相关病症的资料完整，目前仍然是抗HBV治疗的一线用药。阿德福韦酯耐药发生率低，同其他核苷类药物无交叉耐药，与其他核苷类药物联合治疗是目前耐药病人的一种选择。抗病毒作用弱和肾毒性是其主要缺点，在欧美替诺夫韦已逐步替代了阿德福韦酯。恩替卡韦抑制HBVDNA作用强而迅速，而且耐药率在四种核苷(酸)类药物中最低，比较适用于病毒载量高急需快速抑制的核苷初治病人，拉米夫定耐药后选择恩替卡韦，不仅剂量要加倍，还容易发生耐药，因此不是拉米夫定或替比夫定耐药的理想选择。 替比夫定抑制病毒效能优于拉米夫定，耐药率低于拉米夫定，但高于恩替卡韦和阿德福韦酯，与拉米夫定有交叉耐药。
