原则上来说，乙肝“大三阳”者应进行保肝、抗病毒和抗肝纤维化治疗。保肝和抗肝纤维化治疗适合于所有“大一阳”病人，但所有“大三阳”病人是不是都要进行抗病毒治疗呢？答案是否定的。只有那些转氨酶高（高于2倍正常值）的病人才有可能取得良好的疗效。因此，对那些肝功能正常或基本正常的“大三阳”，特别是通过垂直传播获得感染者，我们并不主张进行抗病毒治疗。
“目前，对‘大三阳’病人的抗病毒药物主要有干扰素、核苷类药物如拉米夫定等，中药如苦参素等，免疫调节剂α胸腺肽也常被用于抗病毒治疗。干扰素因为其有较为肯定的抗病毒疗效，而且可以抗肝纤维化和降低肝癌的发生率，因此对‘大三阳’病人一般首选干扰素治疗。
当然，干扰素也存在着一定的不足，如使用后会引起一些副作用如发热、白细胞减少等，而且单一用药疗效不尽如人意，普通干扰素的HBeAg的血清转换率（俗称”大三阳“转为”小三阳）不到40%。好在现在又上市了一种新的干扰素——聚乙二醇干扰（α-2a），疗效优于普通干扰素，使用起来较普通干扰素方便，只要一周一次。抗病毒治疗的疗程一般最短要半年，可以根据治疗的结果在专业医生的指导下决定治疗方案和疗程。
还需要说明的是，不是所有转氨酶高的病人都能取得满意的抗病毒效果。这一方面是目前所有药物本身的抗病毒疗效不是令人满意，另一方面，临床上引导起转氨酶高的非肝炎因素很多，如劳累、休息不好、酒精、药物等。有其他肝胆疾病如脂肪肝、胆囊炎、胆石症等。其他系统的疾病如心血管疾病、肾脏疾病等，这些因素容易被误认为肝炎活动所引起，而导致抗病毒疗效差。因此，在抗病毒治疗前一定要注意鉴别。
