影响乙肝治疗费用的因素，归结起来，主要有以下四个：
疗程的不确定性
乙肝治疗的疗程不确定，给乙肝治疗的费用又蒙上了一层神秘的面纱。据最新的临床研究表明，乙肝正规的抗病毒治疗往往需要2年以上，甚至更漫长的治疗疗程，且其停药指标也不容易达到。疗程的不固定，使得很多乙友把乙肝的治疗形象的比做“无底洞”。
抗病毒治疗的耐药问题
乙肝抗病毒治疗的耐药问题，是所有的核苷（酸）类药物都有的缺点，也是左右治疗费用的关键因素之一。耐药出现后，一般都要考虑换用其他相应的口服药物替代治疗或同一药物加量治疗。这样，无疑为乙友带来了更大的经济负担。而如果所有的核苷（酸）类似物都出现耐药，就只能选择干扰素继续乙肝抗病毒治疗，而长效干扰素治疗的费用，是口服的核苷类药物进行乙肝治疗费用的5～10倍；普通干扰素治疗的年费用也万元左右，而且效果和耐受性遭到很多乙友的反驳。
治疗方法的选择
在目前的乙肝治疗方法中，中药保肝、抗病毒、抗纤维化、免疫调节以及对症治疗常常联合应用。甚者，抗病毒治疗药物也在试探性的联合应用。联合治疗有一定的优势，而其最大的缺点就是治疗费用成倍增加。
保肝治疗的方法比较普遍，很多乙友在抗病毒治疗或进行其他治疗的同时，也会同时选择中药保肝治疗；早期纤维化的患者，均应以抗病毒治疗为基础，同时采用抗纤维化的药物进行辅助治疗；对症治疗常见于出现黄疸的患者，这部分患者也大都会进一步转向抗病毒治疗的战场。
医疗陷阱的诱惑
目前，我国仍然有数以千万计的乙肝病毒携带者，这部分携带者是暂时不需要也不适合进行治疗的。但是，迫于升学、就业和爱情等诸多社会问题的压力，很多乙肝病毒携带者不得不四处求医问药。有甚者更是怀着侥幸心理，去试用一些民间的“偏方”、“秘方”和所谓的“特效药”。而结果大都以上当受骗而告终，最后，乙肝不仅没治好，而且还花了不少钱，有的甚至因为长期胡乱治疗而导致药物性肝损害。
