尽管核苷（酸）类抗病毒药都能很快抑制病毒复制，但停药后，病毒复制可再次出现，ALT升高，个别病人发生严重的肝病。这种情况被称为停药后“反弹”或“反跳”，也有医生把停药后发生肝病加重称为“停药后肝炎”。
一些人误认为这种停药后“反弹”是抗病毒药物“吃上了瘾”，像吸毒一样，从此不能中断。因此不敢使用抗病毒药物治疗。其实这种认识是错误的。药物依赖或成瘾会使用药者对药物需求量逐渐增大，甚至达到中毒剂量，这不但给身体各个器官造成中毒性损害，而且还给服药者心理和精神造成重大伤害。而乙型肝炎病人在抗病毒治疗后，病毒复制停止，肝功能恢复正常，肝脏组织学损伤逐渐修复，给病人带来的是阻断肝病进展的好处。抗病毒药物停药后的反弹是因为药物只起到抑制病毒的作用，乙肝病毒并没有被完全清除。停药后，病毒的cccDNA又可再次成为病毒复制的基础，继续复制出新的乙肝病毒基因。
由于乙型肝炎的难治性，所以需要长期用药治疗。需要长期治疗的疾病是很多的。糖尿病需要长期注射胰岛素或服用降糖药，高血压需要长期服用降压药，做过心血管手术的病人需要长期服用抗凝血药……，这些药物停用后，疾病都会发生反复，甚至明显加重。但这都不属于药物成瘾，因为药物治愈或缓解了病情。乙型肝炎抗病毒药物和这些治疗高血压等慢性疾病的药物情况还不太一样，一旦病毒完全被抑制，达到了完全应答的疗效后，还可能停药。为什么人们能够接受糖尿病、高血压的长期治疗，而不能接受慢性乙型肝炎的长期治疗呢？
目前的许多科学家都认为，对待乙肝病毒复制活跃，肝损害明显的患者，需要长期使用抗病毒药物，不给病毒一点儿活动的机会，使病毒长期处于一种抑制状态，这样才能保护肝脏不受损伤，才有可能达到持久的抗病毒效果。医生在临床工作中已经观察到，抗病毒的疗程越长，e抗原血清学转换的几率越高；同时还看到一些疗效较好的病人，最终达到了病毒完全抑制的效果，停药后也未发生“反弹”。
那么，什么情况下才能停药呢？临床试验证明，在乙肝病毒完全被抑制，e抗原血清学转换后还需要继续治疗6～18个月，甚至更长时间。持续治疗的时间越长，“反弹”的发生率越低。在e抗原血清学转换后半年以内停药者，80%的病人都会出现“反弹”；而e抗原血清学转换后持续治疗半年以上再停药者，80%都不会出现“反弹”。对于e抗原阴性的慢性乙型肝炎最好治疗到表面抗原阴性以后再停药。
