很多乙肝患者不愿接受服用核苷类似物抗病毒治疗，他们认为若选择核苷类似物的话，意味着长期吃药，很难停下来，如同上了“贼船”。然而，实际上，口服核苷类似物也不一定终生服药。服用核苷类似物治疗乙肝一般服药时间都要求二年以上，大三阳患者需服药至转为小三阳，再维持1年后，可考虑停药，否则，过早停药，病毒将反弹。而小三阳患者，服药至乙肝病毒表面抗原转阴，方可停药。肝硬化患者需要终生服药。
乙肝顽疾治疗起来非常困难，主要是没有特效药物将乙肝病毒一举歼灭，目前杀病毒的药物包括两大类，即干扰素类药物和核苷（酸）类药物（拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定）。干扰素作用较广泛，除了抗病毒还有免疫调节、抗纤维化等作用，e抗原的血清转换率高于核苷（酸）类药物，适合于年轻的、肝功能处于代偿期、高转氨酶、中低水平乙肝病毒DNA并希望接受短期疗程治疗的患者，但其耐受性差，副作用多，要在有经验的专科医生指导下治疗，定期监测。疗程一般为48周。核苷（酸）类药物主要通过抑制病毒DNA聚合酶和逆转录酶起作用，乙肝病毒DNA的抑制作用强于干扰素，但e抗原血清转换率相对较低。 这二类药物并非特效药物，疗效也不是100%，只有选择合适的治疗对象，正确坚持治疗方可奏效，获得彻底治愈的概率10%左右，基本治愈的概率为50%左右。
干扰素α是第一个批准用于慢性乙型肝炎抗病毒治疗的药物。在国内外均有大量随机双盲对照的多中心临床研究的报道，临床应用中也积累了丰富的经验。相对而言，此类药物的最大优点在于能增强患者对病毒的免疫清除能力，使之获得持续应答，并且能在停药后维持免疫应答，减少复发率。一般来说，干扰素α治疗HBeAg阳性慢性乙型肝炎的持续应答率高于HBeAg阴性患者。新近研发的聚乙二醇化干扰素α（PegIFN α）由于延长了干扰素在体内的代谢时间，减少了药物峰谷浓度差，稳定药物的有效浓度，因而提高了疗效。干扰素的优点：①疗程相对地固定，而核苷类药物的疗程则相对不固定；②干扰素治疗HBeAg阳性乙肝时，其血清学转换率较高(由HBeAg转换为抗-HBe)，一旦取得，就比较持久，有人认为干扰素有“后续作用”，停药后仍有“转阴”效果；③病毒耐药变异少，复发率低，而核苷类药物在停药后多有复发。④儿童和未生育的青少年优先考虑使用干扰素。⑤最好用于没有乙肝家族史的后天感染者。缺点：①对HBV DNA的抑制没有核苷类药物强和快；②需要注射给药，不方便，而核苷类药物为口服，每天1片，非常方便；③不良反应明显，如发烧、身痛、关节痛、疲乏、掉头发等，有骨髓抑制现象(白细胞、血小板减少等)，还可发生精神异常如妄想等.④另外一个重要缺点是适应症没有核苷类药物宽广，肝功处于失代偿期(包括晚期肝硬化和重型肝炎)不能应用，乙肝合并妊娠也不能用干扰素。
