乙肝的抗病毒治疗是治疗乙肝的根本目的，也就是要将潜伏或暴露在人体中的乙肝病毒彻底消灭、清除出去。衡量及检验这一目的是否达标有两条，一是通过血液检测，反映病毒是否存在、是否处于复制期、是否有传染性等等；二是通过肝组织学检查，了解肝脏内部是否存在病毒?病毒是否处于复制阶段?肝脏受损的程度如何?血液检查有问题，可以间接证实、反映肝脏情况。但是，血液检查没有问题，不能说明肝脏内部也没有问题，肝脏内部仍有可能潜伏有许多复制状态的乙肝病毒，真所谓树欲静而风不止。由于目前绝大多数的患者只能通过血液检查推断病情如何，所以结论也只能是相对正确的。要想真正了解肝脏的实际情况，需反复进行肝穿，取活组织检查。这在理论上可行，但在实际临床工作中却寸步难行。一个患者偶然接受一次肝穿尚可，多次反复进行肝穿刺根本不可能。
通过血液了解乙肝病毒的具体方法是进行乙肝病毒多项指标检查(如乙肝病毒"两对半"、乙肝病毒脱氧核糖核酸等)，所谓转阴治疗也就是只让这些病毒指标转阴。过去认为这些指标阴转了，病情自然也就好转了。现在看起来，这些认识是过时的，甚至是错误的。现在发现：人体血液中的乙肝病毒变化形式实际是极其复杂的，决不能用一元化解释。那么，该如何判断、分析病毒指标阴转究竟是好还是不好呢?
带来积极作用、好转性质的阴转。有的患者通过药物治疗或其它方式等，出现乙肝病毒指标的阴转。最常见的是"大三阳"转为"小三阳"或是"小二阳"(即表面抗原和核心抗体阳性)，有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性，这种情况多见于急性乙肝恢复后，慢性乙肝病毒携带者的自愈和自限，一部分患者经治疗后发生的积极反应。其特点是随着乙肝病毒指标的阴转，患者症状(食欲不振、疲乏、肝区不适、腹胀等)及体征明显好转，肝功恢复正常并长期保持稳定，乙肝病毒主要复制指标(e抗原、HBVDNA)持续阴性。
带来消极作用、恶化性质的阴转。有的患者反复用药治疗，有的患者未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标的阴转，最常见的是"大三阳"转为"小三阳"或是"小二阳"，有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性。病毒指标虽然转阴了，病情却越来越严重。具体表现为：症状、体征不断加重，疲乏劳累，腹胀纳差，面色萎黄或黎黑，肝掌，蜘蛛痣明显等等；肝功损害加剧，转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白下降明显，球蛋白日见上升，凝血机制恶化；影像学检查揭示病情向严重方面演变。如果遇到这种情况，说明上述病毒阴转带来了不良的后果，这些阴转大都是病毒变异造成的。病毒变异的形式是多种多样的，变异的后果也是相当复杂的。病毒变异本身说明病毒是一种适应性极强的、生命力顽强的生物体，它并非那么容易被消灭。乙肝病毒前C区基因变异是最常见的一种变异，变异后，使乙肝病毒e抗原不能产生，以致检查e抗原为阴性，但它并不代表病毒复制的减轻或消失，病毒复制依然在暗中进行，使病情迁延不愈，容易发生肝硬化，甚至于发生爆发性肝坏死。
另外，乙肝病毒的S基因区也可发生变异，其编码的乙肝表面抗原不能产生或表达，患者可出现表面抗原检查阴性，这在过去看来，是乙肝根本治愈的标志。而实际不然，它不仅导致医生的误判，还是导致乙肝疫苗接种失败的原因。因此，乙肝的抗病毒治疗是治疗的关键所在，但是从目前看，尚无绝对有效的药物问世。乙肝的治疗仍然提倡保肝、提高免疫、抗纤维化及抗病毒等项综合治疗，单打一的治疗往往难以奏效，治疗过程中不必一味要求病毒指标阴转，而应首先强调肝功能长期正常及稳定。从我国实际情况出发，尽可能少用那些疗效不确切、价格昂贵的进口西药，而应强调以中医药为主的治疗原则。从目前临床情况看，中药制剂治疗乙肝起着主打作用，其特点是有效且价格低廉。
从目前临床看，乙肝治疗应把握这样一个原则：任何一个迁延性或活动性的乙肝，其治疗的目标是将其恢复至乙肝的初始阶段，即乙肝病毒的携带状态，并使其长期稳定于此状态；对于乙肝病毒携带者，可视为基本正常状态，不必刻意用药治疗，只要做好复查、随访、预防等项工作即可。在实际生活中，应严格区分乙肝毒携带者和乙肝病人，前者可划归正常人群，无须特殊治疗；后者才是真正的病人，必须进行治疗。
