感染时的年龄是影响慢性化的最主要因素，感染时年龄越小，形成慢性肝炎的概率就越高。
在围生(产)期和婴幼儿时期感染乙型肝炎病毒者中，分别有90%和25%~30%将发展成慢性感染，而5岁以后感染者仅有5~10％发展为慢性感染。婴幼儿期乙型肝炎病毒感染的自然史一般可人为地划分为4个期，即免疫耐受期、免疫清除期、非活动或低（非）复制期和再活动期。免疫耐受期：其特点是血清乙型肝炎病毒表面抗原和乙型肝炎病毒e抗原阳性，乙型肝炎病毒DNA载量高(常常>106IU/mL，相当于107拷贝/mL)，但血清丙氨酸氨基转移酶水平正常，肝组织学无明显异常并可维持数年甚至数十年，或轻度炎症坏死、无或仅有缓慢肝纤维化的进展。免疫清除期：表现为血清乙型肝炎病毒DNA滴度>2000IU/mL（相当于104拷贝/mL），伴有丙氨酸氨基转移酶持续或间歇升高，肝组织学中度或严重炎症坏死、肝纤维化可快速进展，部分患者可发展为肝硬化和肝衰竭。非活动或低 (非) 复制期：表现为乙型肝炎病毒e抗原阴性、抗-HBe阳性，乙型肝炎病毒DNA持续低于2000IU/mL（相当于104拷贝/mL）或检测不出(PCR法)、丙氨酸氨基转移酶水平正常，肝组织学无炎症或仅有轻度炎症；这是乙型肝炎病毒感染获得免疫控制的结果，大部分此期患者发生肝硬化和原发性肝癌的风险大大减少，在一些持续乙型肝炎病毒 DNA转阴数年的患者，自发性乙型肝炎病毒表面抗原血清学转换率为1~3%／年。再活动期：部分处于非活动期的患者可能出现1次或数次的肝炎发作，多数表现为乙型肝炎病毒e抗原阴性、抗-HBe阳性（部分是由于前C区与／或BCP变异所导致乙型肝炎病毒e抗原表达水平低下或不表达），但仍有乙型肝炎病毒 DNA活动性复制、丙氨酸氨基转移酶持续或反复异常，成为乙型肝炎病毒e抗原阴性慢性乙型肝炎[23]，这些患者可进展为肝纤维化、肝硬化、失代偿肝硬化和原发性肝癌；也有部分患者可出現自发性乙型肝炎病毒表面抗原消失（伴或不伴抗-HBs）和乙型肝炎病毒 DNA降低或检测不到，因而预后常良好。少部分此期患者可回复到乙型肝炎病毒e抗原阳性的状态（特别是在免疫抑制状态如接受化疗时）。
并不是所有感染乙型肝炎病毒者都经过以上四个期。新生儿时期感染乙型肝炎病毒，仅少数（约5％）可自发清除乙型肝炎病毒，而多数有较长的免疫耐期，然后进入免疫清除期。但青少年和成年时期感染乙型肝炎病毒，多无免疫耐受期，而直接进入免疫清除期，他们中的大部分可自发清除乙型肝炎病毒（约90％~95％），少数（约5％~10％）发展为乙型肝炎病毒e抗原阳性慢性乙型肝炎。
自发性乙型肝炎病毒e抗原血清学转换主要出现在免疫清除期，年发生率约为2%~15%，其中年龄小于40岁、丙氨酸氨基转移酶升高以及感染乙型肝炎病毒基因A型和B型者发生率较高[21, 24]。乙型肝炎病毒e抗原血清学转换后每年大约有0.5%~1.0%发生乙型肝炎病毒表面抗原清除。
慢性乙型肝炎病毒感染者的肝硬化发生率与感染状态有关。免疫耐受期患者只有很轻或没有肝纤维化进展，而免疫清除期是肝硬化的高发时期。肝硬化的累积发生率与持续高病毒载量呈正相关，乙型肝炎病毒 DNA是独立于乙型肝炎病毒e抗原和丙氨酸氨基转移酶以外能够独立预测肝硬化发生的危险因素。发生肝硬化的高危因素还包括嗜酒、合并丙型肝炎、丁型肝炎或艾滋病感染等。非肝硬化的患者较少发生于原发性肝细胞肝癌（原发性肝癌）。肝硬化患者中其年发生率为3%~6%。乙型肝炎病毒e抗原阳性和/或乙型肝炎病毒 DNA > 2,000 IU/mL（相当于104拷贝/mL）是肝硬化和原发性肝癌发生的显著危险因素。大样本研究显示，年龄大、男性、丙氨酸氨基转移酶水平高也是肝硬化和原发性肝癌发生的危险因素。原发性肝癌家族史也是相关因素，但在同样的遗传背景下，乙型肝炎病毒病毒载量更为重要。
