治疗乙肝用药首先要强调安全性，乙肝患者病情易变化，疗程漫长，单一用药难以达到治疗目的，现多采用联合治疗，用药安全是首要的。多年以前曾经使用的多种肝炎用药，后来被证实是不安全的，例如阿糖腺苷、膦甲酸等，都有可能引起肾功能损害。目前使用的干扰素、拉米夫定等，同样存在严重的安全隐患，如果使用不当，选择不当或擅自停药都可能导致病情加重。
中药也同样存在着不安全因素。有些中草药和中药制剂被证实具有明显的肝损作用，例如中草药苍耳子、贯众、雷公藤、天花粉、肉豆蔻、薄荷、川楝子等;中成药有小柴胡汤、复方青黛丸、消核片、克银丸等。因此，要避免滥用和超期、超量服用，对于民间验方、偏方一定要慎用，以防中毒。有药物过敏史或属过敏体质的患者，一旦出现药物性肝损害，一定要终止该药物使用，及时前往正规医院诊疗。
