目前治疗慢乙肝的药物主要分为两大类，一类是干扰素，一类是核苷（酸）类药物。
干扰素是有效疗程，并且疗效也较好，如果患者比较年轻，而且病毒载量不高，可以选择干扰素治疗，并定期监测其疗效和副作用。对于代偿期的肝硬化患者使用干扰素治疗，一定要在有经验的医生指导下使用，以保证疗效，减少副作用的发生。
核苷类似物口服给药，副作用小，一般病人依从性好，所以应用更广泛。我国目前上市的核苷类药物有四种，包括拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦和替比夫定，它们在不同程度上均能抑制病毒复制，阻止疾病进展。但疗程不确定，因人因疗效而定，有的患者需要长期治疗。国内外的研究证实，替比夫定即可以快速有效抑制HBV-DNA复制，又有较高的E抗原的血清学转换率，在早期预测疗效的基础上，有可能实现有限疗程。
