近来，大量体内外研究表明肝细胞可以促进损伤肝脏修复、改善症状、提高存活率，所以干细胞可以用于治疗急性肝衰竭、终末期肝病和遗传代谢性疾病，前两者的治疗通过干细胞移植本身即可发挥治疗作用，而后者的治疗需要干细胞的基因修饰。至今干细胞治疗肝病仍需设计更多的多中心随机双盲对照研究。
目前干细胞移植主要应用于以下几个方面：
（一）、急性肝衰竭或慢加急肝衰竭
肝衰竭的特点是短时间内大量肝细胞的坏死和肝功能的急剧恶化，既往认为，肝细胞移植可提供大量的干细胞分化为肝细胞样细胞，从而替代正常肝脏所需的合成和代谢功能。然而，目前知道，在组织修复方面，干细胞旁分泌机制改变组织微环境比干细胞向肝细胞的转化更重要。因为MSCs（间充质干细胞）除了在短期内可少量分化为相应组织细胞如肝细胞外，还可以合成多种成长因子、细胞因子，对肝脏的局部微环境产生营养性旁分泌作用，包括抗炎、刺激内源性细胞增殖和血管增生等。抗炎看出干细胞移植对急性肝衰竭具有多种有效的治疗作用，包括分泌细胞因子抑制肝细胞凋亡，降低炎症因子水平对肝细胞功能的支持和改善生化指标，并可看出MSCs的旁分泌作用在肝脏辅助治疗方法中的重要性。
（二）、失代偿期肝硬化
在肝硬化患者的肝组织中，由于假小叶的形成改变了肝内管道结构，阻碍了肝细胞和血浆的交换，使细胞治疗很困难。因此，理想的干细胞移植治疗应能重建肝内管道系统，这需要移植干细胞的多向分化与增殖能力。多数动物实验证实，干细胞移植能减轻肝纤维化、改善肝生化指标及不同程度转化为肝细胞。Kuo等发现MSCs经静脉移植科归巢到肝衰竭小鼠肝脏中，不仅可以分化为成熟的肝细胞，而且可以通过旁分泌作用促进肝细胞增殖，提高肝衰竭小鼠的存活率。干细胞移植治疗终末期肝病患者的多数临床经验均表明对患者短期生活质量和肝生化指标有一定程度改善。日本学者经静脉移植干细胞治疗9例失代偿期肝硬化患者，6个月后白蛋白明显升高，胆红素明显下降。
