接种乙型肝炎疫苗是预防HBV 感染的最有效方法。我国卫生部于1992年将乙型肝炎疫苗纳入计划免疫管理，对所有新生儿接种乙型肝炎疫苗，但疫苗及其接种费用需由家长支付；自2002年起正式纳入计划免疫，对所有新生儿免费接种乙型肝炎疫苗，但需支付接种费；自2005年6月1日起改为全部免费。
乙型肝炎疫苗的接种对象主要是新生儿，其次为婴幼儿和高危人群 (如医务人员、经常接触血液的人员、托幼机构工作人员、器官移植患者、经常接受输血或血液制品者、免疫功能低下者、易发生外伤者、HBsAg 阳性者的家庭成员、男性同性恋或有多个性伴侣和静脉内注射毒品者等)。乙型肝炎疫苗全程接种共3 针，按照0、1、6 个月程序，即接种第1 针疫苗后，间隔1 及6 个月注射第2 及第3 针疫苗。新生儿接种乙型肝炎疫苗越早越好，要求在出生后24 h 内接种。接种部位新生儿为大腿前部外侧肌肉内，儿童和成人为上臂三角肌中部肌肉内注射。单用乙型肝炎疫苗阻断母婴传播的保护率为87.8% 。疫苗或乙肝疫苗的注射部位应该是上臂三角肌肌肉注射。1988年世界卫生组织建议：疫苗注射部位由臀部注射改为上臂三角肌注射。实践证明，疫苗在人体不同部位注射会产生不同程度的抗体应答，其中以上臂三角肌注射抗体应答滴率最高，臀部肌肉注射滴度最低，比较观察各类疫苗在臀部和三角肌肌肉注射的免疫效果也证明：三角肌注射的抗体应答率比臀部肌肉注射高得多。认为这是由于药液注入臀部脂肪中，影响疫苗的吸收和免疫效果的发挥。而三角肌较接近腋下淋巴结，有利于免疫力的产生。
对HBsAg 阳性母亲的新生儿，应在出生后24 h 内尽早注射乙型肝炎免疫球蛋白 (HBIG)，最好在出生后12 h 内，剂量应≥100 IU ，同时在不同部位接种10 μg 重组酵母或20μg 中国仓鼠卵母细胞 (CHO) 乙型肝炎疫苗，可显著提高阻断母婴传播的效果。也可在出生后12 h 内先注射1 针HBIG，1 个月后再注射第2 针HBIG，并同时在不同部位接种一针10 μg 重组酵母或20μg CHO 乙型肝炎疫苗，间隔1 和6 个月分别接种第2 和第3 针乙型肝炎疫苗 (各10 μg 重组酵母或20μg CHO 乙型肝炎疫苗) 。后者不如前者方便，但其保护率高于前者。新生儿在出生12 h 内注射HBIG 和乙型肝炎疫苗后，可接受HBsAg 阳性母亲的哺乳。
对HBsAg 阴性母亲的新生儿可用5μg 重组酵母或10μg CHO 乙型肝炎疫苗免疫；对新生儿时期未接种乙型肝炎疫苗的儿童应进行补种，剂量为5μg 重组酵母或10μg CHO 乙型肝炎疫苗；对成人建议接种20μg 重组酵母或20μg CHO 乙型肝炎疫苗。对免疫功能低下或无应答者，应增加疫苗的接种剂量和针次；对3 针免疫程序无应答者可再接种3 针，并于第2次接种3 针乙型肝炎疫苗后1~2 个月检测血清中抗-HBs。
接种乙型肝炎疫苗后有抗体应答者的保护效果一般至少可持续12 年，因此，一般人群不需要进行抗-HBs 监测或加强免疫。但对高危人群可进行抗-HBs 监测，如抗-HBs< 10 mIU/ml ，可给予加强免疫。
