研究显示，乙肝疫苗具有高效保护作用，可使乙型肝炎病毒（HBV）携带率下降0.7%。
慢性HBV感染女性与新生儿发生母婴垂直传播，继而导致后者出现慢性感染的风险与第二次乙肝疫苗免疫接种延迟超过6周相关。导致母婴垂直传播的主要因素是母体内的乙肝病毒表面抗原（HBsAg）和HBV DNA水平，而非乙肝e抗原（HBeAg）。即使母亲是慢性HBV感染者，其新生儿在接受了完整的初次免疫后，目前也不推荐再次注射乙肝免疫加强针。
当母亲出现一过性HBsAg或一过性和（或）长期存在抗乙肝核心抗原（HBc）抗体时，提示其孩子会遭受慢性重度HBV暴露。然而在随访研究中，这些孩子却并未出现任何肝病临床症状。当这些孩子长至18～20岁时，超过50%者已获得足以对抗HBV的免疫（抗HBs抗体＞10 mIU/ml）；在接受了出生免疫的孩子中，经酶联免疫斑点（ELISPOT）实验检测显示，仅50%可产生细胞介导的免疫反应（CMIR）。
总之，乙肝疫苗具有长期保护作用。为降低人群（尤其是高危人群）的病毒携带率或预防发生有症状的肝脏疾病，是否应注射加强剂量的乙肝疫苗尚待进一步研究。
