新生儿期的乙肝病毒感染主要是指HBV感染其中大部分呈慢性经过，常可持续不愈，成为慢性携带者或慢性肝炎，严重影响儿童的健康。此症与慢性肝功能衰竭的关系已逐渐引起人们的注意。乙肝患儿用药宜简不宜繁，避免药物对肝脏的损害。
一、退黄治疗
退黄主要用茵栀黄。
二、免疫调节药物
1、胸腺素：通过影响cAMP而增强T细胞活化。国内广泛用于治疗慢性HBV感染。
2、白细胞介素：系活化Th细胞产生的细胞因子能与免疫效应细胞表面IL-2受体特异结合，刺激这些细胞增殖及诱生IFN-γ增强免疫反应。有报道部分患者HBeAg转阴。
三、抗病毒药物
1、高价免疫球蛋白：注射从人血清中提取的高价乙肝免疫球蛋白能有效清除乙肝病毒保护暴露人群。
2、干扰素(IFN)：目前多采用IFN-α100万U皮下注射，连用1周后改为隔天1次，疗程3～6个月抑制HBV的较肯定HBeAg及HBVDNA转阴率可达30%～60%。干扰素(IFN-β)和IFN-γ抗HBV疗效不如干扰素α(IFN-α)。干扰素(IFN)治疗过程中可能产生IFN抗体，此抗体出现率因IFN品种而异，天然IFN-α少于基因重组干扰素α。
3、核苷类抗病毒药物：主要能抑制HBV反转录酶的活性并与脱氧胞嘧啶核苷竞争结合于延伸中的DNA链健康搜索，造成病毒DNA链的终止;临床资料显示它对乙肝病毒有较强的抑制作用但不能清除肝细胞内病毒的超螺旋型DNA，短期服用停药后易造成反跳。
目前多主张二联或三联用药，如选用干扰素、胸腺素、乙肝疫苗三联用药。重型肝炎是肝细胞发生大量坏死而陷入肝衰竭的过程，肝衰竭能否逆转取决于肝细胞存活的数量。治疗酌情每天或2～3天输注新鲜血浆全血或人血白蛋白加强支持治疗。
