早期除有轻度贫血外，一般情况多良好，晚期则出现黄疸，腹水，发热，贫血，体重下降，腹壁可见静脉怒张，并可因腹内巨大肿块造成呼吸困难，约20%肝母细胞瘤病例有骨质疏松，严重者可导致多发骨折。
很多病人就诊时有贫血和血小板增多，尤多见于肝母细胞瘤患儿，肝母细胞瘤患儿的肝功能常正常，但肝细胞癌病例因并发于肝炎或肝硬化，血清胆红素，碱性磷酸酶和转氨酶可能增高，60%～90%肝细胞癌病例和90%以上肝母细胞瘤病例的甲胎蛋白增高，肝母细胞瘤病儿尿内胱硫醚（cystathionine）排泄增多。
其他原发性肝肿瘤常见的有海绵状血管瘤及血管内皮细胞瘤两种，前者因肿瘤生长可压迫肝组织，使肝细胞变性，有时肿瘤内有动静脉短路，可致小儿心力衰竭或因肿瘤破裂出血死亡，小的血管瘤生长慢，可无临床症状。
血管内皮细胞瘤属于恶性，肝内有血窦形成，临床上可有疼痛，高热及黄疸，病程缓慢，但预后不佳。
肝错构瘤，畸胎瘤及单发或多发肝囊肿等均极少见。
