阿米巴性肝脓肿是由溶组织阿米巴所引起的，有的在阿米巴痢疾期形成，有的发生于痢疾之后数周或数月，也有长达二三十年之久。当人们吞食阿米巴包囊污染的食物或饮水等经胃液消化，在肠内释放原虫并大量繁殖，侵犯结肠黏膜形成溃疡，常见于盲肠、升结肠等处。寄生于结肠黏膜的阿米巴原虫，分泌溶组织酶，消化溶解肠壁上的小静脉后，原虫侵入静脉，随门静脉血流进入肝脏。部分存活原虫在肝内繁殖，溶解肝组织而形成脓肿。
发病机制
阿米巴肠病患者由于结肠溃疡导致滋养体破坏了血管壁，滋养体就会进入到血管中，并随血流进入门静脉到达肝脏，但亦可通过肠壁直接侵入肝脏，或经淋巴系统到达肝内。肝小叶的微静脉起过滤作用，原虫在微V末端留下来，如侵入数量少，宿主健康良好，那么原虫可以被消灭，不造成肝脏任何损害，但如果侵入的原虫多，一部分原虫可以存活下来，存活下来的原虫就可以在肝组织内进行繁殖，由于原虫的大量繁殖，可导致微静脉的栓塞，肝组织发生缺血坏死而形成小脓肿。
另一方面原虫可进入周围组织引起肝组织的坏死及肝组织的溶解液化。随时间的延长，脓肿逐步向四周扩大，脓肿脓肿之间发生融合，最终成为临床上可以得到的肝脓肿。由于回盲部和升结肠为阿米巴结肠炎的好发部位，而肝脏右叶接纳的血液恰恰来自盲肠和升结肠，故脓肿得发病部位绝大部分位于肝脏右叶，且尤以右叶顶部居多。
