细菌性肝脓肿鉴别诊断较困难，因临床上同有发热、白细胞增多等炎症反应，且肝脏肿大、肝区压痛的病变并不单仅肝脓肿一种。兹就下列几种常见疾患，分别论述其与肿脓肿的不同点：
1、囊和胆道疾患
胆囊和胆道疾患常有急性发作史。如为单纯胆石症，则全身反应不显著而恶心呕吐常为突出的表现；而肝脓肿一般多不伴有恶心呕吐。急性胆囊炎常有明显的局部疼痛和压痛，且常能扪得肿大的胆囊；而肝脓肿则主要表现为肝脏之向上肿大，胆囊不能触及。胆总管结石伴有严重胆管炎者，临床上有时与肝脓肿甚相似，但胆管结石常伴有恶心呕吐及黄疸，在早期其肝脏的肿大和触痛常不明显，而横膈也无升高和活动限制现象。
2、右膈下脓肿
膈下脓肿与细菌性肝脓肿的鉴别更困难，术前之正确诊断有时几乎不可能。一般说来，细菌性肝脓肿的全身反应较之膈下脓肿尤为严重；在后者，寒战和间歇型的高热不如肝脓肿显著。相反，胸壁的疼痛在膈下脓肿较为显著，放射到肩部的现象比较经常，且呼吸时疼痛加剧的现象也较明显。膈下脓肿形成前几乎常有先驱病变如急性阑尾炎穿孔及溃疡病穿孔等；然而上述病灶也可以引致肝脓肿。X线检查有时可对上述两种病变作出鉴别。一般单纯的膈下脓肿在前后位片上可见肋膈角模糊，侧位片上可见后侧的肋膈角模糊，而肝脓肿并有膈下脓肿者，在前后位片中可见心膈角模糊，侧位片上可见前面的肋膈角模糊。B型超声检查对诊断帮助更大。当超声和CT扫描不易鉴别时，磁共振冠状面图像可以确诊。
3、阿米巴性肝脓肿
一般说来，多发性细菌性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿在临床上也有不同表现，前者多有突然的寒战、高热及出汗，肝脏的肿大和压痛明显，白细胞增加较显著，黄疸也较多见；而单发性细菌性肝脓肿则上述表现均较轻微或缓和。同样，阿米巴性肝脓肿的临床表现较之多发性细菌性肝脓肿也较缓和，两者之间的鉴别多不困难。但阿米巴性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿的症状则颇多相似之处，两者之鉴别有时非常不易。最重要的鉴别点在阿米巴性肝脓肿常有阿米巴性肠炎和脓血便病史，如在患者粪便中找到阿米巴滋养体，更具有诊断意义。此外，阿米巴性肝脓肿的症状较轻，白细胞增加不显著，且以嗜酸性者为多，病程较长，但贫血较明显；肝大明显，肋间水肿，局部隆起及压痛较明显。确实的诊断往往只有在穿刺抽得脓液以后，根据脓液的性质及细菌检查结果，方能作出最后结论。
4、其他
门静脉血栓性静脉炎有时也需与肝脓肿鉴别。单纯的血栓性门静脉炎常因门静脉血回流不畅（主要是因肝硬化及肝癌引起）及门静脉壁有病变，或者血液的成分有所改变（主要是红细胞增多或血小板增加）等原因产生。发病后门静脉内有血栓形成，患者也可有轻度寒战和发热等症状，有时可能与肝脓肿混淆。惟血栓性门静脉炎有时并可有腹水；而肝脏则多无明显肿大，无触痛，亦无黄疸，一般鉴别尚不困难。
5、肝癌
肝癌有时与肝脓肿在鉴别上也有困难。虽然肝癌患者其肝脏的肿大多是结节性，质较硬，局部疼痛和压痛不明显，全身亦无明显炎症反应，但有时与单发性肝脓肿甚难鉴别。血清甲胎蛋白测定常呈阳性，B型超声检查等有助于鉴别。右下叶肺炎有时也有可能与肝脓肿混淆。后者所表现的寒战发热、右侧胸痛、呼吸急促、咳嗽、肺部啰音、白细胞增高，均可疑为有下叶肺炎的表现。惟在肝脓肿时肺部一般无实变的症状，横膈有升高现象，肝脏有肿大和压痛，当可作出鉴别。随着医疗设备和临床诊疗技术的不断进步，为本病的临床诊断提供了很多有利的条件，重要的是临床医师要能考虑到本病的存在，因为早期诊断是改善本病及预后的关键。
