一般来说，大部分儿童或成人在接种乙肝疫苗后没有不良反应。少部分人可出现轻微的不良反应，其中有些属于正常反应，包括局部的和全身的反应。局部反应是在注射部位出现红、肿、热、痛或局部淋巴结肿大。全身反应局部寒战、发热、头痛、食欲减退、呕吐、腹痛等。这些情况一般都不需要治疗。只要让小儿多喝水并减少活动，过1～2天后，这些反应都会消失。
乙肝疫苗不良反应一般比较轻微，而且只有个别人或少数人发生不良反应，发生的多少与疫苗种类和接种者体质有密切关系。
乙肝疫苗的不良反应包括以下三种：（1)血管神经性水肿与过敏性休克；（2)神经系统变态反应；（3)晕针等。不良反应的发生率虽然很低，但家长还是应该注意自己的孩子有无高度精神紧张及过敏体质。如果出现晕针或过敏性休克，应让病孩平卧，口服温开水或糖水，头部放低，还要采取相应的紧急对症处理措施。
还有种情况就是接种疫苗后刚好得了其他疾病，从而导致误诊。一种情况是，被接种者正处于某一急性传染病的潜伏期，接种后刚好发病；另一种可能是被接种者没有疾病，刚好在接种以后，由于自身原因导致生病；第三种就是一些慢性病人在接种后发生症状加重或急性发作的情况。这些情况统称为偶合或诱发。多数偶合及诱发其他疾病是一种巧合，不应与接种乙肝疫苗的不反应混为一谈。
